Multiplex assay detection of pathogenic organisms

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2507240

The present invention is directed to a method for identification of a pathogenic organism from a predetermined group of pathogens, comprising (i)isolating a clinical sample containing at least partially purified nucleic acid, (ii) subjecting at least a first aliquot of said clinical specimen to at least one amplification and detection reaction in one reaction vessel comprising (iia) an amplification step using at least a first set of amplification primers capable of amplifying a pre~selected nucleic acid sequence region from several or all members of said predetermined group of pathogens, (iib) a detection step using at least 2, 3 or multiple hybridization reagents, said reagents together being capable of specifically detecting a pre-selected nucleic acid sequence region from all members of said group of pathogens, said detection step (iib) comprising steps monitoring hybridization of each of said hybridization reagents at a pre-selected temperature, said hybridization being indicative for at least the genus of said pathogen present in the sample, and monitoring temperature dependence of hybridization, said temperature dependence being indicative for at least the species of said pathogen, and (iii) determining whether said amplification and detection reaction is indicative for the presence of a specific member of said pre-selected group of pathogens.

La présente invention concerne un procédé d'identification d'un organisme pathogène provenant d'un groupe prédéterminé de pathogènes, ce procédé consistant à : (i) isoler un échantillon clinique contenant un acide nucléique au moins partiellement purifié ; (ii) soumettre au moins un premier aliquot dudit échantillon clinique à au moins une réaction d'amplification et de détection dans un réacteur, cette opération comprenant (iia) une étape d'amplification faisant appel à au moins un premier ensemble d'amorces d'amplification pouvant provoquer l'amplification d'une région de séquence d'acide nucléique présélectionnée provenant de plusieurs membres ou de tous les membres dudit groupe de pathogènes prédéterminé, (iib) une étape de détection faisant appel à au moins 2, 3 réactifs d'hybridation, lesdits réactifs pouvant ensemble permettre de détecter spécifiquement une région de séquence d'acide nucléique présélectionnée provenant de tous les membres dudit groupe de pathogènes, ladite étape de détection (iib) comprenant des étapes consistant à surveiller l'hybridation de chacun desdits réactifs d'hybridation à une température présélectionnée, ladite hybridation donnant une indication concernant au moins le genre dudit pathogène présent dans l'échantillon, et à surveiller la dépendance vis-à-vis de la température de l'hybridation, cette dépendance donnant une indication concernant au moins l'espèce dudit pathogène ; et (iii) déterminer si ladite réaction d'amplification et de détection indique la présence d'un membre spécifique dudit groupe présélectionné de pathogènes.

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