Multiplex polynucleotide capture methods and compositions

Details Multiplex polynucleotide capture methods and compositions Multiplex polynucleotide capture methods and compositions

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01)

Patent

CA 2267214

The invention relates to methods and compositions for simultaneously generating a plurality of polynucleotide sequencing ladders or PCR amplification products. Each sequencing ladder is generated from a recoverable primer, i.e., an oligonucleotide primer comprising a recovery tag. The recovery tag may be an oligonucleotide. Each sequencing ladder has a unique recovery tag. After the generation of the multiple sequencing ladders, the different sequencing ladders are separated from one another, i.e., purified, by binding to recovery tag binding compounds that have been immobilized on one or more solid supports. The recovery tag binding compounds are immobilized on the solid support in an addressable manner, i.e, the recovery tag binding compounds have distinct locations on the solid support. The binding of the sequencing ladders to the recovery tag binding compounds serves to separate the different polynucleotide sequencing ladders present in a given solution. The separated sequencing ladders may then be released from the immobilized recovery tag binding compounds and subsequently resolved into individual components of the sequencing ladders or PCR products. The subject methods of separating sequencing ladders simultaneously generated in the same vessel may readily be adapted to separate a plurality of simultaneously generated polynucleotide amplification products. Other aspects of the invention are kits for the generation or recovery of a plurality of polynucleotide sequencing ladders or amplification products. The kits comprise a plurality of recoverable primers having unique recovery tags. Preferably, the recovery tags are polynucleotides that have substantially the same denaturation temperature when bound to appropriate recovery tag binding compounds, i.e., the primers comprise an integrated set. The kits may further comprise recovery tap binding compounds. The kits may further comprise labeled chain terminators. Other aspect of the invention include polynucleotide recovery devices.

Procédés et compositions, de production simultanément d'une pluralité d'échelles de séquençage polynucléotidique ou de produits d'amplification de PCR. Chaque échelle de séquençage est obtenue à partir d'une amorce récupérable, à savoir une amorce oligonucléotidique comprenant une étiquette de récupération, laquelle peut être un oligonucléotide. Chaque échelle de séquençage a une étiquette de récupération unique. Une fois les différentes échelles de séquençage obtenues, on procède à leur dissociation, c'est-à-dire à une purification par liaison à des composés de liaison d'étiquette de récupération qui ont été immobilisés sur un ou plusieurs supports solides. On immobilise ces composés sur un support solide de manière adressable, c'est-à-dire en réservant à chacun d'entre eux un emplacement distinct sur le support solide. La liaison des échelles de séquençage aux composés en question entraîne une dissociation des différentes échelles de séquençage polynuclétidique dans une solution déterminée. Une fois dissociées, les échelles peuvent être libérées des composés de liaison immobilisés, puis résolues en composantes individuelles des échelles de séquençage ou des produits d'amplification de PCR. Les procédés de dissociation des échelles produites simultanément dans le même contenant sont parfaitement adaptables à la séparation d'une pluralité de produits d'amplification polynucléotidique obtenus simultanément. On décrit par ailleurs des matériels de la production ou de récupération d'une pluralité d'échelles de séquençage ou de produits d'amplification polynucléotidiques, qui comprennent une pluralité d'amorces récupérables ayant des étiquettes de récupération uniques. De préférence, ces étiquettes sont des polynucléotides ayant sensiblement la même température de dénaturation lorsqu'elles sont liées aux composés de liaison d'étiquette de récupération appropriés, lesdites amorces constituant un ensemble intégré. Les matériels peuvent aussi comprendre des composés de liaison d'étiquette de récupération, ou encore des agents de terminaison de chaîne à étiquette. On décrit enfin des dispositifs de récupération polynucléotidique.

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