Nonlinear modeling of gene networks from time series gene...

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G - Physics

06

N

G06N 5/04 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2507643

Embodiments of this invention include application of new inferential methods to analysis of complex biological information, including gene networks. In some embodiments, time course data obtained simultaneously for a number of genes in an organism. New methods include modifications of Bayesian inferential methods and application of those methods to determining cause and effect relationships between expressed genes, and in some embodiments, for determining upstream effectors of regulated genes. Additional modifications of Bayesian methods include use of time course data to infer causal relationships between expressed genes. Other embodiments include the use of bootstrapping methods and determination of edge effects to more accurately provide network information between expressed genes. Information about gene networks can be stored in a memory device and can be transmitted to an output device, or can be transmitted to remote location.

Des modes de réalisation de cette invention comprennent l'application de nouveaux procédés inférentiels sur l'analyse de l'information biologique complexe, y compris les réseaux géniques(Fig. 2(b)). Dans certains modes de réalisation, on obtient des données de type série chronologique simultanément pour un certain nombre de gènes dans un organisme. De nouveaux procédés consistent à modifier les méthodes inférentielles bayesiennes (Fig. 2(b)) et à appliquer ces méthodes afin de déterminer le rapport de cause à effet entre des gènes exprimés, et dans certains modes de réalisation, afin de déterminer les effecteurs ascendants des gènes régulés. Les modifications supplémentaires des méthodes bayesiennes (Fig. 2(a)) comprennent l'utilisation de données de type série chronologique afin de déduire les rapports de causalité entre les gènes exprimés. D'autres modes de réalisation concernent l'utilisation de procédés d'amorçage et la détermination d'effets de bord afin de fournir plus précisément une information de réseau entre les gènes exprimés. L'information concernant les réseaux géniques peut être mémorisée dans un dispositif de mémoire et être transmise à un périphérique de sortie ou à un emplacement distant.

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