Novel interferon stimulated and repressed genes

C - Chemistry – Metallurgy – 07 – H

Patent

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C07H 21/04 (2006.01) C07K 14/47 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01)

Patent

CA 2348003

Methods and model systems for identifying and characterizing new therapeutic agents, particularly proteins, which mimic the activity of all interferons, Type I interferons, IFN-.alpha., IFN-.beta., or IFN-.gamma.. The method comprises administering an interferon selected from the group consisting of IFN-.alpha., IFN-.beta., IFN-~, IFN-.omega., IFN-.gamma., and combinations thereof to cultured cells, administering the candidate agent to a duplicate culture of cells; and measuring the effect of the candidate agent and the interferon on the transcription or translation of one or, preferably, a plurality of the interferon stimulated genes or the interferon repressed genes (hereinafter referred to as "ISGs" and "IRGs", respectively). The model system is an array with gene probes that hybridize with from about 100 to about 5000 ISG and IRG transcripts. Methods for identifying and characterizing new therapeutic agents which block the activity of all interferons, Type I interferons, or IFN-.gamma. are also provided.

L'invention concerne des procédés et des systèmes modèles qui permettent d'identifier et de caractériser de nouveaux agents thérapeutiques, notamment des protéines, qui imitent l'activité de tous les interférons (interférons du type I, IFN-.alpha., IFN-.beta., ou IFN-.gamma.). Le procédé consiste à administrer à des cellules cultivées un interféron sélectionné dans le groupe constitué par IFN-.alpha., IFN-.beta., IFN-~, IFN-.omega., IFN-.gamma. ou leurs combinaisons; à administrer l'agent candidat à une culture cellulaire en double; et à mesurer l'effet de l'agent candidat et de l'interféron sur la transcription ou la traduction d'un ou, de préférence, plusieurs des gènes stimulés par l'interféron ou des gènes réprimés par l'interféron (ci-après dénommés "ISG" et "IRG", respectivement). Le système modèle est un jeu ordonné d'échantillons comportant des analyseurs de gènes qui s'hybrident avec environ 100 à 5000 transcrits d'ISG et d'IRG. L'invention concerne également des procédés permettant d'identifier et de caractériser de nouveaux agents thérapeutiques qui bloquent l'activité de tous les interférons (interférons du type I, interférons du type I choisis, ou IFN-.gamma.). Le procédé consiste à administrer à des cellules cultivées un interféron sélectionné dans le groupe constitué par IFN-.alpha., IFN-.beta., IFN-~, IFN-.omega., IFN-.gamma. ou leurs combinaisons; à administrer l'interféron et l'agent candidat à une culture cellulaire en double; et à effectuer un dosage pour déterminer des changements dans les niveaux de transcription d'un ou, de préférence, plusieurs ISG et IRG. L'invention concerne en outre un procédé pour contrôler l'efficacité d'un traitement par l'interféron chez un patient, et un procédé pour déterminer la sensibilité d'un sujet à un traitement par l'interféron. L'invention concerne enfin un procédé d'identification de nouveaux ISG et IRG. Le procédé consiste à administrer l'interféron à des cellules cultivées pendant une durée; à mesurer les niveaux des transcrits génétiques à partir de cellules de contrôle non traitées et dans des cellules traitées par l'interféron au moyen de jeux ordonnés d'échantillons comportant des analyseurs réputés s'hybrider avec des transcrits d'ISG et d'IRG connus, et avec des transcrits de gènes dont les produits ne sont pas réputés être des ISG ou des IRG; et à comparer les niveaux des transcrits pour chaque gène présent dans les cultures de cellules de contrôle et de cellules traitées par l'interféron.

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