C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2566866
The present invention provides an oligonucleotide array capable of identifying genes and related pathways involved with the induction of a particular phenotype by a cell line, e.g., the genes and related pathways involved with the induction of transgene expression by the cell line. The invention is particularly useful when there is a little or no information about the genome of the cell line being studied, because it provides methods for identifying consensus sequences for known and previously undiscovered genes, and for designing oligonucleotide probes to the identified consensus sequences. Additionally, when the array is to be used to determine optimal conditions for expression of a transgene by the cell line, the invention teaches methods of including oligonucleotide probes to transgene sequences in the array. The invention also provides methods of using the array to identify genes and related pathways involved with the induction of a particular cell line phenotype. The invention also provides novel polynucleotides of undiscovered genes (i.e., a gene that had not been sequenced and/or shown to be expressed by CHO cells) and novel polynucleotides involved with the induction of a particular cell phenotype, e.g., increased survival when grown under stressful culture conditions, increased transgene expression, decreased production of an antigen, etc. These novel polynucleotides are termed novel CHO sequences and differential CHO sequences, respectively. The invention also provides genetically engineered expression vectors, host cells, and transgenic animals comprising the novel nucleic acid molecules of the invention. The invention additionally provides antisense and RNAi molecules to the nucleic acid molecules of the invention. The invention further provides methods of using the polynucleotides of the invention.
L'invention porte sur une puce à oligonucléotides permettant d'identifier des gènes et des voies correspondantes associés à l'induction d'un phénotype particulier par une lignée cellulaire, p. ex. les gènes et les voies correspondantes associés à l'induction de l'expression d'un transgène par la lignée cellulaire. La puce décrite est particulièrement utile lorsque peu ou aucune information concernant le génome de la lignée cellulaire étudiée est disponible, car il offre des procédés d'identification de séquences consensus pour les gènes connus et non découverts antérieurement, et de création de sondes d'oligonucléotides pour les séquences consensus identifiées. L'invention concerne en outre un procédé permettant de déterminer les conditions optimales pour l'expression d'un transgène par la lignée cellulaire, ces procédés consistant à utiliser la puce pour identifier les gènes et les voies correspondantes intervenant dans l'induction d'un phénotype particulier de lignée cellulaire. L'invention concerne également des procédés consistant à utiliser la puce décrite pour identifier des gènes et des voies associées intervenant dans l'induction d'un phénotype particulier d'une lignée cellulaire. Des nouveaux polynucléotides de gènes non découverts (c.-à-d. un gène qui n'a pas été séquencé et/ou dont l'expression n'a pas été dans des cellules CHO démontrée) et de nouveaux polynucléotides intervenant dans l'induction d'un phénotype cellulaire particulier, p. ex. une survie améliorée lors d'une culture dans des conditions de stress, une expression accrue d'un transgène, un production réduite d'un antigène etc. sont en outre décrits. Ces nouveaux polynucléotides sont dénommés respectivement nouvelles séquences CHO et séquence CHO différentielles. L'invention concerne par ailleurs des vecteurs d'expression, des cellules hôtes, et des animaux transgéniques issus du génie génétique, contenant les nouvelles molécules d'acides nucléiques décrites. L'invention porte additionnellement sur des molécules ARNi antisens pour les molécules d'acides nucléiques décrites, ainsi que des méthodes d'utilisation des polynucléotides décrits.
Brown Eugene L.
Charlebois Timothy S.
Hann Louane E.
Lee Gene W.
Leonard Mark W.
Torys Llp
Wyeth
LandOfFree
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