C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)
Patent
CA 2449105
A method for genetic mapping in eukaryotic organisms is described, comprising: multiple artificial DNA oligonucleotides being introduced in neutral positions into the genome of a single strain of the organism to create an artificially marked strain. This strain contains many specific markers, either composed solely of the inserted oligonucleotides or composed of inserted oligonucleotide(s) and part of the adjacent DNA sequence. The artificially marked strain is crossed with another strain displaying one or more distinct traits. The DNA of segregants from the cross displaying a specific trait is pooled and the presence of the artificial markers in the pooled DNA is detected. The genetic map position of all genes involved in establishing the trait is indicated by a drop in signal intensity for the artificial markers located closest to these genes. The method allows the use of isogenic strains for genetic mapping. It also allows to accumulate large numbers of mutations in a single strain until a particular phenotype is generated and subsequently map the mutation(s) relevant for the phenotype of interest. In a further embodiment large numbers of mutations are accumulated in the artificially marked strain until a phenotype of interest is obtained, the multiply mutated artificially marked strain is then crossed with a wild type strain, the DNA of all segregants displaying the wild type phenotype is pooled and the presence of the artificial markers is detected. The genetic map position of all genes required to restore the wild type phenotype is indicated by a drop in signal intensity for the artificial markers located closest to the position of these genes. In a further embodiment of the invention a restriction site for a rare restriction enzyme is added to the artificial marker, which allows to cut the genomic DNA in different fragments each containing a specific tag. These fragments are introduced into a vector to construct a genomic library in a host organism, of which the transformants can be sorted according to the position of the fragment in the genome. After transformation of the library into a recipient strain, all the fragments can be traced with the specific tag using one of several methods available.
Procédé servant à dresser la cartographie génétique d'organismes eucaryotes et consistant à introduire des oligonucléotides multiples d'ADN artificiel dans des positions neutres dans le génome d'une souche unique de l'organisme afin de créer une souche marquée artificiellement. Cette souche contient un nombre important de marqueurs spécifiques composés soit des oligonucléotides introduits seulement, soit de ces oligonucléotides et d'une partie de la séquence d'ADN adjacente. La souche marquée artificiellement est croisée avec une autre souche présentant un ou plusieurs traits distincts. On regroupe l'ADN des ségrégants du croisement présentant un trait spécifique et on détecte la présence des marqueurs artificiels dans l'ADN regroupé. La position cartographique génétique de la totalité des gènes jouant un rôle dans l'élaboration de ce trait est indiquée par une chute de l'intensité du signal des marqueurs artificiels les plus proches de ces gènes. Ce procédé permet d'utiliser des souches isogéniques pour établir la cartographie génétique. Il permet également d'accumuler des nombres importants de mutations dans une seule souche jusqu'à la génération d'un phénotype défini et d'établir ensuite la carte des mutations associées à ce phénotype. Dans un autre mode de réalisation, on accumule des nombres importants de mutations dans la souche marquée artificiellement jusqu'à l'obtention d'un phénotype, puis on croise cette souche à mutations multiples croisée artificiellement avec une souche sauvage, on regroupe l'ADN de la totalité des ségrégants affichant ce phénotype sauvage et on détecte la présence des marqueurs artificiels. La position cartographique génétique de tous les gènes nécessaires à la restitution de ce phénotype sauvage est indiquée par une chute de l'intensité du signal des marqueurs artificiels les plus proches de la position de ces gènes. Dans un autre mode de réalisation, on ajoute au marqueur artificiel un site de restriction d'un enzyme de restriction rare, ce qui permet de diviser l'ADN génomique en différents fragments contenant chacun un marqueur spécifique. On introduit ces fragments dans un vecteur afin d'élaborer une banque génomique dans un organisme hôte, dont on peut trier les transformants selon la position du fragment dans le génome. Après transformation de cette banque génomique en souche réceptrice, on peut repérer la totalité des fragments au moyen du marqueur spécifique par l'intermédiaire d'une de plusieurs techniques disponibles.
Broothaerts Wim
Dumortier Francoise
Ma Pingsheng
Thevelein Johan
Van Dijck Patrick
K.u. Leuven Research & Development
Smart & Biggar
LandOfFree
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