C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/02 (2006.01)
Patent
CA 2611743
The invention provides methods and kits for ordering sequence information derived from one or more target polynucleotides. In one aspect, one or more tiers or levels of fragmentation and aliquoting are generated, after which sequence information is obtained from fragments in a final level or tier. Each fragment in such final tier is from a particular aliquot, which, in turn, is from a particular aliquot of a prior tier, and so on. For every fragment of an aliquot in the final tier, the aliquots from which it was derived at every prior tier is known, or can be discerned. Thus, identical sequences from overlapping fragments from different aliquots can be distinguished and grouped as being derived from the same or different fragments from prior tiers. When the fragments in the final tier are sequenced, overlapping sequence regions of fragments in different aliquots are used to register the fragments so that non- overlapping regions are ordered. In one aspect, this process is carried out in a hierarchical fashion until the one or more target polynucleotides are characterized, e.g. by their nucleic acid sequences, or by an ordering of sequence segments, or by an ordering of single nucleotide polymorphisms (SNPs), or the like.
L'invention concerne des méthodes et des trousses permettant d'ordonner des informations de séquence dérivées d'un ou plusieurs polynucléotides cibles. Ces procédés consistent à produire un ou plusieurs plans ou niveaux de fragments ou de portions, puis à obtenir des informations de séquence à partir de fragments d'un plan ou d'un niveau final. Chaque fragment de ce plan final provient d'une portion donnée qui, elle-même, provient d'une portion donnée d'un plan précédent, et ainsi de suite. Pour chaque fragment d'une portion du plan final, les portions à partir desquelles le fragment a été dérivé à chaque plan précédent sont connues ou peuvent être déduites. Ainsi, des séquences identiques de fragments chevauchants de portions différentes peuvent être distinguées et groupées sur la base du fait qu'elles ont été dérivées de fragments identiques ou différents de plans précédents. Lorsque les fragments du plan final sont séquencés, les zones de chevauchement de fragments de différentes portions sont utilisées pour contrôler les fragments afin que les zones non chevauchantes soient ordonnées. La méthode de l'invention peut être mise en oeuvre de façon hiérarchisée jusqu'à ce que un ou plusieurs polynucléotides cibles soient caractérisés, par exemple, par leurs séquences nucléiques, ou par un ordre de segments de séquences, ou par un ordre de polymorphismes nucléotidiques (SNP), ou analogue.
Callida Genomics Inc.
Smart & Biggar
LandOfFree
Nucleic acid analysis by random mixtures of non-overlapping... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Nucleic acid analysis by random mixtures of non-overlapping..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Nucleic acid analysis by random mixtures of non-overlapping... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1648186