C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01)
Patent
CA 2221467
The invention relates to methods for rapidly determining the sequence and/or length of a target sequence. The target sequence may be a series of known or unknown repeat sequences which are hybridized to an array of probes. The hybridized array is digested with a single-strand nuclease and free 3'- hydroxyl groups extended with a nucleic acid polymerase. Nuclease cleaved heteroduplexes can be easily distinguished from nuclease uncleaved heteroduplexes by differential labeling. Probes and target can be differentially labeled with detectable labels. Matched target can be detected by cleaving resulting loops from the hybridized target and creating free 3- hydroxyl groups. These groups are recognized and extended by polymerases added into the reaction system which also adds or releases one label into solution. Analysis of the resulting products using either solid phase or solution. These methods can be used to detect characteristic nucleic acid sequences, to determine target sequence and to screen for genetic defects and disorders. Assays can be conducted on solid surfaces allowing for multiple reactions to be conducted in parallel and, if desired, automated.
Cette invention se rapporte à des procédés permettant la détermination rapide de la séquence de base et/ou de la longueur d'une séquence cible. Cette séquence cible peut être constituée d'une série de séquences répétitives connues ou inconnues qui sont hybridées à un ensemble de sondes. L'ensemble hybridé est digéré avec une nucléase simple brin et des groupes libres 3'-hydroxyle allongés par une polymérase d'acides nucléiques. On peut facilement différencier les éléments hétéroduplex coupés de nucléase des éléments hétéroduplex non coupés de nucléase au moyen d'un marquage différentiel. Les sondes et la cible peuvent être marquées différemment avec des marqueurs détectables. On peut détecter la cible concordante en coupant de la cible hybridée les boucles résultantes et en créant des groupes libres 3-hydroxyle. Ces groupes sont reconnus et allongés par des polymérases ajoutées au système réactif qui ajoute également ou libère un marqueur à l'intérieur de la solution. L'analyse des produits résultants est effectuée au moyen d'une phase solide ou d'une solution. Ces procédés peuvent servir à la détection de séquences d'acides nucléiques caractéristiques, à la détermination de la séquence cible et à la recherche de malformations ou de troubles génétiques. Il est possible d'effectuer des essais sur des surfaces solides, ce qui permet le déroulement de multiples réactions en parallèle, et si cela est souhaité, il est possible d'automatiser ces essais.
Cantor Charles R.
Smith Cassandra L.
Szafranski Przemyslaw
Yaar Ron
Smart & Biggar
Trustees Of Boston University
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1633928