C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) B01L 7/00 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) G01N 27/447 (2006.01)
Patent
CA 2208794
Methods and compositions are provided for detecting nucleic acid sequences. In particular, pairs of probes are employed, where the pair defines a substantially contiguous sequence on a target nucleic acid. Each of the pairs has a side chain which forms a stem of the two side chains which non- covalently binds and is capable of forming a cross-link upon activation, when the probes and sample nucleic acid are base paired. Cross-linking of the stems when unbound to complementary DNA is inhibited. Each of the nucleic acids is initially present as single stranded nucleic acid to allow for base pairing, so that the probes bind to homologous target nucleic acid. The assay mixture is activated to provide cross-linking, the double stranded nucleic acid melted, and the process of base pairing, activation and melting repeated, a sufficient number of cycles, to provide a detectable amount of cross-linked probes. To inhibit background cross-linking, the side chains may provide for duplex formation, where a portion of the side chain binds to a different portion of the side chain or the portion of the probe homologous to the target. Also provided are kits comprising reagents, as well as automatic devices, for carrying out the subject method.
L'invention concerne des procédés et des compositions servant à détecter des séquences d'acide nucléique. On utilise, en particulier, des paires de sondes, la paire définissant une séquence sensiblement contiguë sur un acide nucléique cible. Chacune des paires possède une chaîne latérale constituant une souche des deux chaînes latérales qui réalise une liaison non covalente et est capable de créer une réticulation sous l'effet d'une activation, quand les sondes et l'échantillon d'acide nucléique présentent un appariement de bases. La réticulation des souches est inhibée quand elles ne possèdent pas de liaison avec un ADN complémentaire. Chacun des acides nucléiques est présent initialement en tant qu'acide nucléique monocaténaire permettant l'appariement des bases, de sorte que les sondes se fixent à l'acide nucléique cible homologue. On active le mélange de détection afin de produire une réticulation, on réalise la fusion de l'acide nucléique bicaténaire et on répète le processus d'appariement des bases, d'activation et de fusion pendant un nombre de cycles suffisant afin d'obtenir une quantité détectable de sondes réticulées. Afin d'inhiber une réticulation d'arrière-plan, les chaînes latérales peuvent déclencher la formation de duplex, où une partie de la chaîne latérale se fixe à une partie différente de la chaîne latérale ou à la partie de la sonde homologue de la cible. L'invention concerne également des kits comprenant des réactifs, ainsi que des dispositifs automatiques, afin de mettre ce procédé en application.
Albagli David
Vanatta Reuel
Wood Michael
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1593060