Nucleic acid sequencing with simultaneous quantitation

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – P

Patent

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Details

C12P 19/34 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2373044

Simultaneous sequencing and quantitation of a nucleic acid analyte in a sample using the same reagents for both assays is achieved by processing a sample containing, or suspected of containing the nucleic acid analyte of interest using a single set of reagents through a plurality of thermocycles to obtain a mixture of labeled polynucleotides which are used for the determination of both sequence information about the target nucleic acid and the amount of target nucleic acid present in the sample. The fragments are separated on the basis of size, for example by electrophoresis, and the label associated with the separated fragments is detected. The positions of the separated nucleic acid fragments are evaluated to obtain information about the sequence of the target nucleic acid analyte, and the intensity of a signal derived from the label associated with one or more of the separated fragments is evaluated to determine the quantity of the target nucleic acid analyte in the sample. Only one label is needed for both sequencing and quantitation, although two or more labels may be used if bidirectional sequencing is concurrently performed.

Le séquençage et la quantification d'un analyte d'acide nucléique dans un échantillon, au moyen des mêmes réactifs pour les deux essais, s'effectuent par le traitement d'un échantillon contenant un analyte d'acide nucléique, ou suspecté d'en contenir, au moyen d'un seul ensemble de réactifs, sur plusieurs thermocycles, de manière que soit produit un mélange de polynucléotides marqués utilisés pour la détermination à la fois des informations séquentielles relatives à l'acide nucléique cible et de la quantité d'acide nucléique présente dans l'échantillon. Les fragments sont séparés par taille, par exemple par électrophorèse, et le marqueur associé aux fragments séparés est détecté. Les positions des fragments d'acide nucléique séparés sont évalués, de manière que des informations relatives à la séquence de l'analyte d'acide nucléique cible soient obtenues, et l'intensité d'un signal dérivé du marqueur associé à un ou plusieurs des fragments séparés est évaluée, de manière que la quantité d'analyte d'acide nucléique cible dans l'échantillon soit déterminée. Seul un marqueur est nécessaire pour le séquençage et la quantification, bien que deux marqueurs ou plus puissent être utilisés si un séquençage bidirectionnel est mené à bien simultanément.

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