C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2565987
The present invention provides an oligonucleotide array capable of identifying genes and related pathways involved with the induction of a particular phenotype by a cell line, e.g., the genes and related pathways involved with the induction of transgene expression by the cell line. The invention is particularly useful when there is little or no information about the genome of the cell line being studied, because it provides methods for identifying consensus sequences for known and previously undiscovered genes, and for designing oligonucleotide probes to the identified consensus sequences. Additionally, when the array is to be used to determine optimal conditions for expression of a transgene by the cell line, the invention teaches methods of including oligonucleotide probes to transgene sequences in the array. The invention also provides methods of using the array to identify genes and related pathways involved with the induction of a particular cell line phenotype. The invention also provides novel polynucleotides of undiscovered genes (i.e., a gene that had not been sequenced and/or shown to be expressed by CHO cells) and novel polynucleotides involved with the induction of a particular cell phenotype, e.g., increased survival when grown under stressful culture conditions, increased transgene expression, decreased production of an antigen, etc. These novel polynucleotides are termed novel CHO sequences and differential CHO sequences, respectively. The invention also provides genetically engineered expression vectors, host cells, and transgenic animals comprising the novel nucleic acid molecules of the invention. The invention additionally provides antisense and RNAi molecules to the nucleic acid molecules of the invention. The invention further provides methods of using the polynucleotides of the invention.
La présente invention concerne des réseaux d'oligonucléotides capables d'identifier des gènes et des trajets associés impliqués dans l'induction d'un phénotype particulier par une lignée cellulaire, par exemple, les gènes et les trajets associés impliqués dans l'induction de l'expression transgénique par la lignée cellulaire. Cette invention convient particulièrement quand il existe peu ou pas d'informations relatives au génome de la lignée cellulaire étudiée, car elle fournit des techniques permettant d'identifier des séquences de consensus de gènes connus et de gènes non découverts préalablement et, permettant de concevoir des sondes oligonucléotidiques destinées aux séquences de consensus identifiées. Par ailleurs, lorsque le réseau doit être utilisé pour déterminer des conditions optimales de l'expression transgénique par la lignée cellulaire, cette invention enseigne des techniques permettant d'inclure des sondes oligonucléotidiques dans des séquences transgéniques du réseau. Cette invention concerne aussi des techniques d'utilisation du réseau pour identifier des gènes et des trajets associés impliqués dans l'induction d'un phénotype d'une lignée cellulaire particulier. Cette invention concerne aussi de nouveaux polynucléotides de gènes non découverts (c'est-à-dire, un gène qui n'a pas été séquencé et/ou montré pour être exprimé par des cellules CHO) et de nouveaux polynucléotides impliqués dans l'induction d'un phénotype cellulaire particulier, par exemple, une survie accrue dans le cas d'une croissance dans des conditions de culture sous stress, expression transgénique accrue, production en baisse d'un antigène, etc. Ces nouveaux polynucléotides sont appelés nouvelles séquences CHO et séquences CHO différentielles, respectivement. Cette invention concerne aussi des vecteurs d'expression génétiquement modifiée, des cellules hôtes et des animaux transgéniques comprenant ces nouvelles molécules d'acide nucléique. Cette invention fournit aussi des molécules antisens et des molécule d'ARN aux molécules d'acide nucléique de l'invention. Cette invention concerne enfin des techniques d'utilisation des polynucléotides de l'invention.
Brown Eugene L.
Charlebois Timothy S.
Hann Louane E.
Lee Gene W.
Leonard Mark W.
Torys Llp
Wyeth
LandOfFree
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