Pharmacogenomic markers for prognosis of solid tumors

G - Physics – 01 – N

Patent

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G01N 33/574 (2006.01)

Patent

CA 2598393

The present invention provides methods, systems and equipment for prognosis or evaluation of treatment of solid tumors. Gene markers that are prognostic of solid tumors can be identified according to the present invention. Each gene marker has altered expression patterns in PBMCs of solid tumor patients following initiation of an anti-cancer treatment, and the magnitudes of these alterations are correlated with clinical outcomes of these patients. In one embodiment, a Cox proportional hazards model is used to determine the correlations between clinical outcomes of RCC patients and gene expression changes in PBMCs of these patients during the course of a CCI-779 treatment. Non-limiting examples of genes identified by the Cox model are depicted in Tables 4A3 4B, 5 A and 5B. These genes can be used as surrogate markers for prognosis of RCC. They can also be used as pharmacogenomic indicators for the efficacy of CCI-779 or other anti-cancer drugs.

Méthodes, systèmes et équipement de pronostic ou d'évaluation du traitement de tumeurs solides. Les marqueurs génétiques qui permettent le pronostic de tumeurs solides peuvent être identifiés d'après l'invention. Chaque marqueur génétique comporte des motifs d'expression altérée dans PBMC chez des patients souffrant d'une tumeur solide après initiation d'un traitement anticancéreux, et les amplitudes de ces altérations sont en corrélation avec les résultats cliniques de ces patients. Dans un mode de réalisation, un modèle des risques proportionnels Cox sert à déterminer les corrélations entre les résultats cliniques de patients RCC et les modifications d'expression génique dans PBMC de ces patients pendant une traitement CCI-779. Des exemples de gènes identifiés par le modèle Cox sont décrits dans les tableaux 4A3 4B, 5 A et 5B. Ces gènes peuvent être utilisés comme marqueurs succédanés pour le pronostic de RCC. Ils peuvent également être utilisés comme indicateurs pharacogénomiques pour l'efficacité de CCI-779 ou d'autres médicaments anticancéreux.

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