C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2167209
The ability to rapidly detect wild polioviruses in clinical specimens is a major concern for the worldwide eradication of polioviruses. Provided is a method of detecting poliviruses of all three serotypes from viral isolates of clinical specimens using a pair of degenerate PCR primers. This primer set, which uses deoxyinosine residues to compensate for third position mismatches at specific positions, recognizes nucleotide sequences near the receptor binding site of polioviruses. These sequences are unique to polioviruses and are absolutely conserved at the amino acid level. As a result, these PCR primers do not recognize nonpoliovirus enteroviruses. All poliovirus serotypes (40 poliovaccine related genotypes and 120 wild poliovirus genotypes from around the world) tested positive. All 14 prototype strains of nonpoliovirus enteroviruses tested negative. Also provided is a series of degenerate PCR primers that differentiates between the three wild poliovirus serotypes and a method of detecting the presence of the three serotypes utilizing a nucleic acid amplification technique.
L'une des préoccupations majeures concernant l'éradication globale des virus poliomyélitiques se rapporte à l'aptitude à détecter rapidement des virus poliomyélitiques de phénotype sauvage dans des échantillons cliniques. L'invention se rapporte à un procédé de détection des virus poliomyélitiques appartenant à tous les trois sérotypes dans des isolats viraux d'échantillons cliniques, ce procédé consistant à utiliser une paire d'amorces d'amplification PCR dégénérées. Cet ensemble d'amorces, qui utilise des restes de désoxyinosine pour équilibrer des erreurs d'appariement de troisième position au niveau de positions spécifiques, reconnaît les séquences nucléotidiques proches du site de liaison de récepteur des virus poliomyélitiques. Il s'agit ici de séquences particulières des virus poliomyélitiques, lesquelles sont entièrement préservées au niveau des acides aminés. En conséquence, ces amorces de PCR ne reconnaissent pas des entérovirus n'appartenant pas à la catégorie des virus poliomyélitiques. Tous les sérotypes du virus poliomyélitique (40 génotypes apparentés au vaccin contre le polio et 120 génotypes du virus poliomyélitique de phénotype sauvage provenant de différentes parties du monde) ont donné des résultats positifs. Toutes les 14 souches prototypiques des entérovirus n'appartenant pas aux virus poliomyélitiques, ont donné des résultats négatifs. L'invention se rapporte également à une série d'amorces d'amplification PCR dégénérées qui différencie entre les trois sérotypes du virus poliomyélitique de phénotype sauvage, ainsi qu'à un procédé de détection de la présence des trois sérotypes au moyen d'une technique d'amplification d'acide nucléique.
Department Of Health And Human Services
Gowling Lafleur Henderson Llp
LandOfFree
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