C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) B01J 19/00 (2006.01) B01L 3/00 (2006.01) B01L 7/00 (2006.01) G06F 9/00 (2006.01)
Patent
CA 2442939
The invention comprises a two-step process for analysis of polynucleotides by chain extension of multiple oligonucleotide primers attached by 5'-linkages to solid supports by first performing PCR of the sample to be analysed in the presence of multiple oligonucleotides in solution, the nucleotide sequences of both sets of oligonucleotides being similar or identical. This produces immobilised single-stranded polynucleotides containing genetic sequence data derived from sample molecules. In a second step, support-bound polynucleotides are interrogated by hybridisation with a single labelled oligonucleotide probe or by second-strand synthesis with a primer-dependent polymerase using an oligonucleotide primer and nucleotide monomers, in which either or both of the primer and nucleotide monomers are labelled. Incorporation of label demonstrates the presence of two separate defined-sequence primers within the sample polynucleotide. The presence or absence within the sample of multiple combinations of primers are demonstrable in a single experiment by use of suitable apparatus, which may take the form of an oligonucleotide array. Multiple arrays may be accommodated in a 96-well format, allowing all possible combinations of 96 different primers to be generated simultaneously. If sequence data for the sample DNA is available in advance of the analysis, the results may be predicted by computer modelling, allowing design of highly- specific automated DNA-based assay procedures.
Cette invention concerne une méthode d'analyse en deux temps de polynucléotides par extension en chaîne d'amorces oligonucléotidiques multiples reliées par des liaisons en 5' à des supports solides. A cette fin, on déclenche d'abord une réaction en chaîne de la polymérase de l'échantillon d'analyse en présence de multiples oligonucléotides en solution, les séquences nucléotidiques des deux ensembles d'oligonucléotides étant analogues ou identiques. On obtient ainsi des polynucléotides à brin unique immobilisés renfermant des données sur des séquences génétiques tirées des molécules échantillons. Dans un second temps, on interroge des polynucléotides liés à un support par hybridation au moyen d'une sonde oligonucléotidique unique ou par synthèse d'un second brin avec une polymérase dépendant d'une amorce au moyen d'une amorce nucléotidique et de monomères nucléotidiques dans lesquels soit l'amorce, soit les monomères nucléotidiques, soit les deux à la fois, sont marqués. L'incorporation d'un marqueur démontre qu'il y a deux amorces distincte de séquence à définition séparée à l'intérieur du même polynucléotide échantillon. La présence ou l'absence au sein d'un échantillon de multiples combinaisons d'amorces peut être démontrée à partir d'une seule expérience au moyen d'un dispositif approprié, par exemple d'un microréseau d'oligonucléotides. Ces microréseaux peuvent être logés dans une plaquette de 96 puits, ce qui permet de produire simultanément toutes les combinaisons possibles de 96 amorces. Si l'on dispose de données de séquence pour l'échantillon d'ADN avant analyse, il est possible d'anticiper les résultats par modèlisation informatique, ce qui permet d'élaborer des méthodes d'essai automatisées hautement spécifiques à partir d'ADN.
Gowling Lafleur Henderson Llp
Point-2-Point Genomics Ltd.
LandOfFree
Polynucleotide analysis using combinatorial pcr does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Polynucleotide analysis using combinatorial pcr, we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Polynucleotide analysis using combinatorial pcr will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1760209