Probe correction for gene expression level detection

Details Probe correction for gene expression level detection Probe correction for gene expression level detection

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/02 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) G01N 31/00 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/566 (2006.01) G06F 15/00 (2006.01) G06F 17/00 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2472733

Individual probes on micro-arrays are re-scaled and corrected with a set of probe dependent coefficients derived from genomic-DNA hybridization signals. A dynamic range for gDNA binding is determined by measuring a concentration signal curve. Signals for each probe are measured during multiple hybridizations within a linear range. Concentration insensitive probes are then found for two sets of experiments. Probes are discarded based on a threshold compared to their standard deviation divided by their average in each set. The correction coefficients are used to calculate a corrected intensity for each probe. Probes having high uncertainty (0.5 in one embodiment) are discarded. A weighting factor for each probe is determined along with an uncertainty factor. Finally, a call for each gene is made, such as absent, marginal or present.

Différentes sondes placées sur des microréseaux sont redimensionnées et corrigées au moyen d'un ensemble de coefficients dépendants des sondes, dérivés de signaux d'hybridation d'ADN génomique. Une gamme dynamique pour la liaison d'ADNg est déterminée par la mesure d'une courbe de signaux de concentration. Des signaux sont mesurés pour chaque sonde au cours d'hybridations multiples dans une gamme linéaire. Des sondes insensibles à la concentration sont ensuite trouvées pour deux ensembles d'expériences. Des sondes sont rejetées sur la base de la comparaison à un seuil du quotient de leur écart type par leur moyenne dans chaque ensemble. Les coefficients de correction sont utilisés pour le calcul d'une intensité corrigée pour chaque sonde. Les sondes présentant une incertitude élevée (0,5 dans un mode de réalisation) sont rejetées. Un facteur de pondération est déterminé pour chaque sonde, conjointement avec un facteur d'incertitude. Enfin, un recensement des gènes est effectué, chaque gène étant identifié comme étant absent, marginal ou présent.

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