Probe set for identification of nucleotide mutation, and...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01)

Patent

CA 2759443

The type of a nucleotide located in a mutation site on a target nucleic acid can be identified by carrying out a fluorescence real-time PCR using a probe set comprising a detection probe and a counter probe, wherein the detection probe comprises an oligonucleotide which comprises a nucleotide sequence containing the mutation site on the target nucleic acid and also containing a nucleotide of interest in the mutation site or a nucleotide sequence complementary to the aforementioned nucleotide sequence, has a fluorescent substance added to the 5'-terminal and a quenching substance added to the 3'--terminal, and has, introduced therein, such a modification that the melting temperature of the probe becomes 3°C or more higher than that of the counter probe, and wherein the counter probe comprises an oligonucleotide which comprises a nucleotide sequence containing a mutation site and also containing a nucleotide that is different from the nucleotide of interest in the mutation site or a nucleotide sequence complementary to the aforementioned nucleotide sequence.

Selon l'invention, le type d'un nucléotide situé dans un site de mutation sur un acide nucléique cible peut être identifié par la réalisation d'une PCR en temps réel par fluorescence à l'aide d'un ensemble sonde comprenant une sonde de détection et une contre-sonde. La sonde de détection comprend un oligonucléotide qui comprend une séquence nucléotidique contenant le site de mutation sur l'acide nucléique cible et contient également un nucléotide d'intérêt dans le site de mutation ou une séquence nucléotidique complémentaire de la séquence nucléotidique mentionnée ci-dessus, présente une substance fluorescente ajoutée à l'extrémité terminale 5' et une substance de désactivation ajoutée à l'extrémité terminale 3', et possède, introduite dans celle-ci, une modification telle que la température de fusion de la sonde devienne supérieure d'au moins 3°C à celle de la contre-sonde, la contre-sonde comprenant un oligonucléotide qui comprend une séquence nucléotidique contenant un site de mutation et contenant également un nucléotide qui est différent du nucléotide d'intérêt dans le site de mutation ou une séquence nucléotidique complémentaire de la séquence nucléotidique mentionnée ci-dessus.

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