C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07K 14/205 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01)
Patent
CA 2267991
The present invention relates to a method for the detection and/or typing of Helicobacter pylori (H.pylori) strains presents in a sample comprising the steps of: (i) if need be releasing, isolating or concentrating the polynucleic acids in the sample; (ii) amplifying the polynucleic acids of relevant target regions of the vacA gene and possibly other virulence determinant genes (VDG), with suitable primer pairs, said primers being generally applicable on different H.pylori strains, allowing to amplify said relevant target regions of the VDG preferentially in compatible amplification conditions; (iii) hybridizing the polynucleic acids obtained in (i) or (ii) with a set of at least two VDG-derived probes, under appropriate hybridization and wash conditions, and with at least one of said probes hybridizing to a conserved region of a VDG of H.pylori, and with at least one of said probes hybridizing to a variable regions of vacA; (iv) detecting the hybrids formed in step (iii); (v) detecting and or typing H.pylori strains present in a sample from the differential hybridization signals obtained in step (iv), with said typing being the allele-specific detection of a strain according to the VDG alleles present in that particular H.pylori strain, and the said virulence determinant genes being the genetic elements involved in enabling, determining, and marking of the infectivity and/or pathogenicity of said H.pylori strain. The present invention also relates to probes and primers for doing the same as well as Helicobacter pylori detecting/typing kits. The present invention also discloses novel sequences of VDG, which can be used for designing the above- mentioned primers and probes.
La présente invention a trait à un procédé destiné à la détection et/ou au typage de souches d'Helicobacter pylori (H.pylori) présentes dans un échantillon, comprenant les étapes consistant à 1) libérer, isoler ou concentrer, le cas échéant, les acides polynucléiques dans l'échantillon; 2) amplifier les acides polynucléiques de zones cibles pertinentes du gène vacA et éventuellement d'autres gènes déterminant la virulence (VDG), au moyen de paires d'amorces adéquates, lesdites amorces étant généralement applicables sur différentes souches de H.pylori, ce qui permet d'amplifier lesdites zones cibles pertinentes du VDG de façon préférentielle, dans des conditions d'amplification compatibles; 3) hybrider les acides polynucléiques obtenus en 1) ou en 2) au moyen d'un ensemble d'au moins deux sondes dérivées de VDG, dans des conditions d'hybridation et de lavage appropriées, au moins une desdites sondes s'hybridant à une zone préservée d'un VDG de H.pylori, et au moins une desdites sondes s'hybridant à une zone variable du vacA; 4) détecter les hybrides formés au cours de l'étape 3); 5) détecter et/ou typer des souches de H.pylori présentes dans un échantillon à partir des signaux d'hybridisation différentiels obtenus au cours de l'étape 4); ce typage étant une détection spécifique aux allèles d'une souche, selon les allèles de VDG présents dans la souche particulière de H.pylori, et lesdits gènes déterminant la virulence étant les éléments génétiques favorisant, déterminant et marquant le pouvoir infectant et/ou pathogène de ladite souche de H. pylori. La présente invention a également trait à des sondes et à des amorces prévues pour le même usage, ainsi qu'à des kits de détection/typage d'Helicobacter pylori. La présente invention concerne également de nouvelles séquences de VDG pouvant être utilisées en vue de mettre au point les amorces et sondes mentionnées.
Quint Wilhelmus
Van Doorn Leendert-Jan
Ddl B.v.
Innogenetics N.v.
Smart & Biggar
LandOfFree
Probes, methods and kits for detection and typing of... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Probes, methods and kits for detection and typing of..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Probes, methods and kits for detection and typing of... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1490719