Protein aggregation prediction systems

Details Protein aggregation prediction systems Protein aggregation prediction systems

G - Physics

06

F

G06F 19/16 (2011.01) C07K 1/00 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2707156

This invention relates to methods for identifying aggregation-prone regions in structured (folded) proteins and to related methods for determining the aggregation propensity of a protein, to computer program code and equipment for implementing the methods, and to related methods of identifying new drugs and drug targets as well as protein toxicities. A method of identifying one or more regions in the amino acid sequence of a protein which, in the folded protein, are predicted to promote aggregation, the method comprising: determining, for amino acid positions (i) along said sequence, a local propensity for aggregation (A i) at a said amino acid position, said local propensity for aggregation being determined by a combination of a hydrophobicity value, an .alpha.-helix propensity value, a .beta.-sheet propensity value, a charge value and a pattern value for said amino acid position; determining local structural stability values for said amino acid positions, a said local structural stability value comprising a measure of local structural stability at a said amino position; and combining said determined local propensities for aggregation at said amino acid positions and said local structural stability values at said amino acid positions to identify one or more regions in said amino acid sequence which, in said folded protein, are predicted to promote aggregation.

L'invention concerne des procédés d'identification de régions favorables à l'agrégation dans des protéines structurées (pliées) et des procédés associés de détermination de la propension à l'agrégation d'une protéine, un code de programme informatique et un équipement destinés à mettre en uvre les procédés, et des procédés associés d'identification de nouveaux médicaments et de nouvelles cibles de médicament, ainsi que de toxicités de protéines. L'invention concerne ainsi un procédé d'identification d'une ou de plusieurs régions dans la séquence d'acides aminés d'une protéine qui, dans la protéine pliée, favorisent, selon les prévisions, l'agrégation, ledit procédé comprenant : la détermination, pour des positions d'acides aminés (z) dans ladite séquence, d'une propension locale à l'agrégation (A1) à une position d'acide aminé donnée, ladite propension locale à l'agrégation étant déterminée par une combinaison d'une valeur d'hydrophobicité, d'une valeur de propension de l'hélice a, d'une valeur de propension du feuillet ß, d'une valeur de charge et d'une valeur de motif pour ladite position d'acide aminé ; la détermination de valeurs de stabilité structurale locale pour lesdites positions d'acides aminés, une valeur de stabilité structurale locale comprenant une mesure de la stabilité structurale locale à une position d'acide aminé donnée ; et la combinaison desdites propensions locales à l'agrégation déterminées auxdites positions d'acides aminés et desdites valeurs de stabilité structurale locale auxdites positions d'acides aminés pour identifier une ou plusieurs régions dans ladite séquence d'acides aminés qui, dans ladite protéine pliée, favorisent, selon les prévisions, l'agrégation.

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