Protein expression profiling

Details Protein expression profiling Protein expression profiling

A - Human Necessities

01

N

A01N 57/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2411838

Disclosed are compositions and methods for detecting small quantities of analytes such as proteins and peptides. The method involves associating a primer with an analyte and subsequently using the primer to mediate rolling circle replication of a circular DNA molecule. Amplification of the DNA circle is dependent on the presence of the primer. Thus, the disclosed method produces an amplified signal, via rolling circle amplification, from any analyte of interest. The amplified DNA remains associated with the analyte, via the primer, and so allows spatial detection of the analyte. The disclosed method can be used to detect and analyze proteins and peptides. Multiple proteins can be analyzed using microarrays to which the various proteins are immobilized. A rolling circle replication primer is then associated with the various proteins using a conjugate of the primer and a molecule that specifically binds the proteins to be detectable. Rolling circle replication from the primers results in production of a large amount of DNA at the sites in the array where the proteins are immobilized. The amplified DNA serves as a readily detectable signal for the proteins. The disclosed method can also be used to compare the proteins expressed in two or more different samples. The information generated is analogous to the type of information gathered in nucleic acid expression profiles. The disclosed method allows sensitive and accurate detection and quantitation of proteins expressed in any cell or tissue.

Cette invention concerne des compositions et des méthodes permettant de détecter de petites quantités d'analytes tels que des protéines et des peptides. La méthode consiste à associer une amorce à un analyte et à utiliser ultérieurement cette amorce pour induire une réplication par cercle roulant d'une molécule circulaire d'ADN. L'amplification du cercle d'ADN dépend de la présence de l'amorce. Ainsi, la méthode selon l'invention permet de produire un signal amplifié, via l'amplification du cercle roulant, à partir d'un quelconque analyte d'intérêt. L'ADN amplifié reste associé à l'analyte, via l'amorce, ce qui permet une détection spatiale de cet analyte. Ladite méthode peut servir à détecter et à analyser des protéines et des peptides. Il est possible d'analyser de multiples protéines au moyen de jeux de micro-échantillons sur lesquels sont immobilisées les diverses protéines. On associe ensuite une amorce pour réplication par cercle roulant aux diverses protéines à l'aide d'un conjugué de l'amorce et d'une molécule qui se lie spécifiquement aux protéines à détecter. La réplication par cercle roulant se traduit par la production massive d'ADN sur les sites du jeu de micro-échantillons sur lequel les protéines sont immobilisées. L'ADN amplifié fait office de signal facilement détectable pour les protéines. On peut également utiliser la méthode selon l'invention pour comparer les protéines exprimées dans deux échantillons différents ou plus. L'information obtenue s'apparente à celle recueillies dans des profils d'expression d'acides nucléiques. Cette méthode rend possible une détection et une quantification fine et précise de protéines exprimées dans une quelconque cellule ou un quelconque tissu

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