C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01)
Patent
CA 2518452
A method for detecting a specific sequence, a mutation and/or a polymorphisms, including a SNP, is based on the use RecA or a RecA-like recombinase protein and the process of allele specific oligonucleotide extension. RecA coated, specific DNA oligonucleotide probes (RecA filaments) are used for homology searching in duplex DNA. Location of homologous sequences results in the formation of D-loop or double D-loop structures containing a duplex regions comprising the oligonucleotide probe and one strand of the target DNA. Probes are selected to terminate with their 3' end at the site of the mutation or the SNP, such that extension depends on correct nucleotide pairing, which occurs only when the probe is annealed to a target DNA which comprises the allele complementary to the 3' end of the probe. Successful extension is diagnostic of the specific sequence, mutation or SNP. Also provided are compositions and kits useful for practicing the above methods.
Selon l'invention, un procédé pour détecter une séquence déterminée, une mutation et/ou des polymorphismes, y compris un SNP, est fondé sur l'utilisation d'une protéine recombinase RecA ou similaire à RecA et le processus d'allongement d'oligonucléotides spécifique aux allèles. Des sondes spécifiques à ADN à revêtement de RecA (filaments RecA) sont utilisées pour la recherche homologique dans des ADN duplex. La localisation des séquences homologiques permet la formation de structures à boucle en D ou à boucles en D doubles contenant des régions duplex comprenant une sonde oligonucléotidique et un brin de l'ADN cible. Des sondes sont sélectionnées pour se terminer avec leurs extrémités 3' au site de mutation ou au SNP, de manière à ce que cet allongement dépende du couplage correct de nucléotides qui a lieu uniquement lorsque la sonde est recuite avec un ADN cible qui comprend l'allèle complémentaire à l'extrémité 3' de la sonde. L'allongement réussi constitue un diagnostic de la séquence déterminée, de la mutation ou du SNP. L'invention concerne aussi des compositions et des ensembles destinés à mettre en oeuvre des procédés en question.
Gene Check Inc.
Norton Rose Or S.e.n.c.r.l. S.r.l./llp
Wagner Robert E.
LandOfFree
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