C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2465354
A method for detecting a specific sequence, a mutation and/or a polymorphisms, including a single nucleotide polymorphism (SNP), is based on the use of RecA- like recombinase protein and primer extension (PE) or oligonucleotide ligation assays (OLA) . RecA coated, specific DNA oligonucleotide probes (RecA filaments) are used for homology searching in duplex DNA. Location of homologous sequences results in the formation of D-loop or double D-loop structures containing a duplex regions comprising the oligonucleotide probe and one strand of the target DNA. In the case of the PE methods, probes are selected to terminate with their 3' end adjacent to the site of mutation or SNP such that a single nucleotide or terminator addition to the primer will be diagnostic of the mutation or SNP. In the case of the OLA methods, sets of oligonucleotide probes (ligation partners) are selected to have adjacent ends terminate at, or adjacent to, the site of mutation or SNP such that ligation is possible only when both ends are correctly base-paired. Successful ligation is diagnostic of the specific sequence, mutation or SNP. Also disclosed are compositions and kits useful for practicing the foregoing methods.
L'invention se rapporte à un procédé de détection d'une séquence spécifique, d'une mutation et/ou d'un polymorphisme, y compris un polymorphisme d'un nucléotide simple (PNS), fondé sur l'utilisation de la protéine recombinase semblable à RecA et de l'extension d'amorce (PE) ou de la méthode OLA. Des sondes (filaments RecA) d'oligonucléotide d'ADN spécifique à revêtement de RecA sont utilisées dans la recherche d'homologie de l'ADN double brin. L'emplacement des séquences homologues entraînent la formation de structures à boucle D ou à double boucle D contenant des zones à double brin qui comprennent la sonde d'oligonucléotide et un brin de l'ADN cible. Dans le cas de procédés PE, des sondes sont choisies afin de terminer leur extrémité 3' adjacente au site de mutation ou PNS de manière qu'un seul nucléotide ou autre terminateur de l'amorce servira de diagnostic à la mutation ou PNS. Dans le cas des procédés OLA, l'ensemble des sondes d'oligonucléotide (partenaires de ligation) sont choisies en raison de leurs extrémités adjacentes qui se terminent au niveau du ou sont adjacentes au site de mutation ou PNS de telle manière que la ligation soit rendue possible seulement lorsque les deux extrémités sont correctement en paires de base. Une ligation réussie constitue le diagnostic de la séquence spécifique, de la mutation ou PNS. L'invention concerne aussi des compositions et des équipements utiles dans la mise en oeuvre des procédés susmentionnés.
Gene Check Inc.
Smart & Biggar
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1363751