Recombinase polymerase amplification

Details Recombinase polymerase amplification Recombinase polymerase amplification

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2569512

This disclosure describes related novel methods for Recombinase-Polymerase Amplification (RPA) of a target DNA that exploit the properties of recombinase and related proteins, to invade double-stranded DNA with single stranded homologous DNA permitting sequence specific priming of DNA polymerase reactions. The disclosed methods have the advantage of not requiring thermocycling or thermophilic enzymes, thus offering easy and affordable implementation and portability relative to other amplification methods. Further disclosed are conditions to enable real-time monitoring of RPA reactions, methods to regulate RPA reactions using light and otherwise, methods to determine the nature of amplified species without a need for gel electrophoresis, methods to improve and optimize signal to noise ratios in RPA reactions, methods to optimize oligonucleotide primer function, methods to control carry~over contamination, and methods to employ sequence-specific third 'specificity' probes. Further described are novel properties and approaches for use of probes monitored by light in dynamic recombination environments.

Cette invention concerne de nouvelles méthodes d'amplification par recombinase-polymérase (ARP) d'un ADN cible exploitant les propriétés de la recombinase et de protéines apparentées, afin d'envahir de l'ADN bicaténaire avec l'ADN homologue monocaténaire permettant l'amorçage spécifique aux séquences de réactions d'ADN polymérase. Les méthodes décrites présentent l'avantage de ne pas nécessiter d'enzymes de thermocyclage ou thermophiles offrant ainsi une mise en oeuvre facile et abordable ainsi qu'une portabilité par rapport à d'autres méthodes d'amplification. L'invention concerne aussi des conditions permettant le contrôle en temps réel de réactions RPA, des méthodes de régulation des réactions RPA au moyen de lumière et autres, des méthodes de détermination de la nature des espèces amplifiées sans nécessiter d'électrophorèse sur gel, des méthodes d'amélioration et d'optimisation des rapports signal/bruit dans les réactions RPA, des méthodes d'optimisation de la fonction d'amorces oligonucléotidiques, des méthodes de lutte contre la contamination par recirculation et des méthodes d'utilisation de troisièmes sondes de "spécificité" spécifiques à des séquences. L'invention concerne également de nouvelles propriétés et approches pour l'utilisation de sondes contrôlées par la lumière dans des environnements de recombinaison dynamique.

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Profile ID: LFCA-PAI-O-1635933