Repair of nucleic acids for improved amplification

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2626094

Methods and compositions are provided for repairing a polynucleotide so that it can be copied with improved fidelity and/or yield in, for example, an amplification reaction. This involves the use of a reaction mixture that includes a ligase and a cofactor selected from NAD+ or ATP and incubating the polynucleotide with the reaction mixture in the absence of Endonuclease VI. The reaction mixture may further contain an AP endonuclease and a polymerase. If used, these enzymes may be selected according to their ability to withstand high temperatures. For example, the reaction mixture may be used prior to a polynucleotide synthesis reaction in which case enzymes that are not thermophilic may be used. The repair reaction is not time sensitive with respect to seconds, minutes or hours of incubation in the enzyme mixture in as much as the repair is effected rapidly and prolonged incubation is not generally adverse.

La présente invention concerne des procédés et des compositions permettant de réparer un polynucléotide afin qu'il puisse être copié avec une fidélité et/ou un rendement amélioré, par exemple dans une réaction d'amplification. Ceci met en jeu l'utilisation d'un mélange réactionnel qui inclut une ligase et un co-facteur choisi entre le NAD+ et l'ATP et l'incubation du polynucléotide avec le mélange réactionnel en l'absence d'endonucléase VI. Le mélange réactionnel peut contenir en outre une endonucléase AP et une polymérase. Si elles sont utilisées, ces enzymes peuvent être choisies en fonction de leur capacité à supporter des températures élevées. Par exemple, le mélange réactionnel peut être utilisé avant une réaction de synthèse de polynucléotide, auquel cas il est possible d'utiliser des enzymes qui ne sont pas thermophiles. La réaction de réparation n'est pas sensible à la durée en ce qui concerne les secondes, les minutes ou les heures d'incubation dans le mélange d'enzymes dans la mesure où la réparation s'effectue rapidement et où, d'une manière générale, une incubation prolongée n'a pas d'effets négatifs.

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