Replication of nucleic acids using single-strand dna binding...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – P

Patent

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C12P 19/34 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2224120

Single-strand DNA binding proteins have been found to increase the efficiency ofstrand-displacement replication of long targets, and when added to amplification reactions such as SDA, they significantly improve the amplification efficiency of targets which are otherwise too long to be efficiently amplified. The gp32 protein of T4 has been shown in SDA to produce about 10 6 to 10 8-fold amplification in 15-20 min. for targets about 800-1,000 bp in length. In the absence of gp32 there is essentially no detectable amplification for targets of this length. Targets about 400-500 bp in length are amplifiable about a billion-fold in the presence of gp32, representing an amplification factor approximately equivalent to that observed for targets less than 100 bp in length in conventional SDA reactions in the absence of SSBs. Other single-strand DNA binding proteins have also been shown to improve replication and amplification efficiency for long targets.

Des protéines se liant à l'ADN simple brin (SSB) ont été découvertes qui ont pour effet d'accroître l'efficacité de la réplication par déplacement de brin des cibles longues, et lorsqu'elles sont combinées à des réactions d'amplification comme l'amplification par déplacement de brin (SDA, Strand Displacement Amplification), elles améliorent sensiblement l'efficacité de l'amplification des cibles qui sont autrement trop longues pour être amplifiées efficacement. Il a été montré que dans la SDA, la protéine gp32 de T4 entraînait une amplification de l'ordre de 10 6 à 10 8 en 15-20 min dans le cas de cibles d'environ 800-1 000 pb de longueur. En l'absence de gp32, on n'observe essentiellement pas d'amplification détectable des cibles de cette longueur. Les cibles d'une longueur d'environ 400-500 pb sont amplifiables environ un milliard de fois en présence de gp32, ce qui représente un facteur d'amplification approximativement équivalent à celui qui est observé pour les cibles d'une longueur inférieure à 100 pb dans les réactions de SDA traditionnelles en l'absence de SSB. Il a été démontré que d'autres protéines se liant à l'ADN simple brin pouvaient également améliorer l'efficacité de la réplication et de l'amplification des cibles longues.

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