C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07K 14/47 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)
Patent
CA 2322700
The invention provides criteria and methods for selecting optimum subsequence(s) from a target for targeting by a zinc finger protein. Some of the methods of targetgene site selection seek to identify one or more target segments having a DNA motif containing one or more so-called D-able subsites having the sequence 5'NNGK3'. Other methods of the invention are directed to selection of target segments within target genes using a correspondence regime between different triplets of three bases and the three possible positions of a triplet within a nine-base site. In another aspect, the invention provides methods of designing zinc finger proteins that bind to a preselected target site. These methods can be used following the preselection of target sites according to the procedures and criteria described above. The methods of design use a database containing information about previously characterized zinc finger proteins.
Cette invention concerne des critères et des méthodes de sélection de sous-séquence(s) optimum à partir d'une cible pour protéines à doigts de cuivre. Pour certaines de ces méthodes de sélection de sites cibles, la démarche consiste à identifier un ou plusieurs segments cibles présentant un motif d'ADN qui renferme un ou plusieurs sites secondaires, dits D-able, de séquence 5'NNGK3'. D'autres méthodes selon l'invention consistent à sélectionner des segments cibles dans des gènes cibles au moyen d'un régime de correspondance entre des triplets différents de trois bases et les trois positions possibles d'un triplet dans un site à neuf bases. Un autre aspect de l'invention fait intervenir des méthodes permettant de créer des protéines à doigts de zinc qui se lient à un site cible présélectionné. Une fois choisis les sites cibles, on peut employer ces méthodes selon les procédés et critères susmentionnés. Pour la fabrication de ces protéines, on utilise une base de données renfermant des informations sur des protéines à doigts de zinc précédemment caractérisées.
Case Casey C.
Cox George N. III
Eisenberg Stephen P.
Jamieson Andrew
Rebar Edward J.
Fetherstonhaugh & Co.
Sangamo Biosciences Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1467934