Self-assembled single molecule arrays and uses thereof

Details Self-assembled single molecule arrays and uses thereof Self-assembled single molecule arrays and uses thereof

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01)

Patent

CA 2624896

The present invention provides methods of making and using self-assembled arrays of single polynucleotide molecules for carrying out a variety of large- scale genetic measurements, such as gene expression analysis, gene copy number assessment, and the like. Random arrays used in the invention are "self- assembled" in the sense that they are formed by deposition of polynucleotide molecules onto a surface where they become fixed at random locations. The polynucleotide molecules fixed on the surface are then identified by direct sequence determination of component nucleic acids, such as incorporated probe sequences, or by other decoding schemes. Such identification converts a random array of determinable polynucleotides, and their respective probes into an addressable array of probe sequences.

La présente invention concerne des procédés de fabrication et d'utilisation de jeux ordonnés, ou puces, de molécules à polynucléotides simples autoassemblés qui permettent d'effectuer une variété de mesures génétiques à grande échelle, telles que l'analyse de l'expression génique, l'évaluation du nombre de copies géniques, et analogues. Les puces aléatoires utilisées dans l'invention sont "autoassemblées" dans le sens où elles sont formées par dépôt de molécules polynucléotidiques sur une surface où elles se fixent en des emplacements aléatoires. Les molécules polynucléotidiques fixées à la surface sont alors identifiées par une détermination directe de la séquence des acides nucléiques composants, par exemple des séquences sondes incorporées, ou par d'autres mécanismes de décodage. Ce type d'identification transforme une puce aélatoire de polynucléotides déterminables et leurs sondes respectives en une puce adressable de séquences sondes.

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