Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01) C07H 19/00 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C08G 73/00 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)

Patent

CA 2149765

The present invention describes a polymer composition effective to bind, in a sequence-specific manner to a target sequence of a duplex polynucleotide, at least two different-oriented Watson/Crick base-pairs at selected positions in the target sequence. The composition includes an uncharged backbone with 5- or 6-membered cyclic backbone structures and selected bases attached to tho backbone structures effective to hydrogen bond specifically with different oriented base-pairs in the target sequence. Also disclosed are subunits useful for the construction of the polymer composition. The present invention further includes methods for (i) coupling a first free or polymer-terminal subunit, and (ii) isolating, from a liquid sample, a target duplex nucleic acid fragment having a selected sequence of base-pairs.

Composition polymère pouvant se lier efficacement avec une spécificité de séquence à une séquence cible d'un polynucléotide à double hélice, la séquence cible contenant au moins deux paires de bases Watson/Crick orientées différemment situées à des endroits sélectionnés. La composition comprend un squelette non chargé comportant des structures de squelette cycliques à 5 ou 6 éléments et des bases sélectionnées attachées aux structures de squelette qui sont efficaces pour former une liaison hydrogène spécifique avec des paires de bases orientées différemment dans la séquence cible. Des sous-unités utiles pour construire la composition polymère sont également décrites ainsi que des procédés permettant (i) de coupler une première sous-unité à terminaison libre ou polymère et (ii) d'isoler, à partir d'un échantillon liquide, un fragment d'acide nucléique à double hélice cible contenant une séquence sélectionnée de paires de bases.

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