Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)

Patent

CA 2110988

The present invention describes a polymer composition effective to bind in a sequence-specific manner to a target sequence of a duplex polynucleotide at least two different-oriented Watson/Crick base- pairs at selected positions in the target sequence. The composition includes an uncharged backbone with 5- or 6-membered cyclic backbone structures and selected bases attached to the backbone structures effective to hydrogen bond specifically with different oriented base-pairs in the target sequence. Also disclosed are subunits useful for the construction of the polymer composition. The present invention also includes methods for (i) coupling a first free or polymer-terminal subunit, and (ii) isolating, from a liquid sample, a target duplex nucleic acid fragment having a selected sequence of base-pairs.

L'invention se rapporte à une composition polymère qui est capable de se lier spécifiquement selon la séquence, avec une séquence cible d'un polynucléotide bicaténaire contenant au moins deux paires de bases Watson-Crick orientées de manière différente en des positions choisies dans la séquence cible. Cette composition comporte un squelette non chargé ayant des structures de squelette cycliques à 5 ou 6 éléments et des bases sélectionnées fixées aux structures de squelettes, capables d'assurer une liaison hydrogène de façon spécifique avec des paires de bases orientées différentes dans la séquence cible. L'invention décrit également des sous unités utilisables pour la construction de cette composition polymère. L'invention se rapporte également à des procédés pour (i) coupler une première sous unité libre ou à terminaison polymère, et (ii) isoler, à partir d'un échantillon liquide, un fragment d'acide nucléique bicaténaire cible ayant une séquence sélectionnée de paires de bases.

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