Serotype-specific identification of enterovirus 71 by rt-pcr

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/70 (2006.01)

Patent

CA 2391362

The present invention provides nucleic acids which can be used as primers in amplification or sequencing reactions to rapidly amplify or sequence, respectively, EV71 nucleic acids. A preferred group of nucleic acids of the present invention when used as primer pairs in amplification reactions, detect EV71 with a high degree of specifically and sensitivity. With these preferred primer pairs, the specificity of amplification methods of the present invention is such that EV71 nucleic acid is amplified to a detectable level, whereas CA16 DNA is not. The nucleic acid primers of the present invention contain mixed bases or deoxyinosine residues at positions of codon degeneracy. Examples of nucleic acid primers for amplifying and sequencing EV71 nucleic acid are set forth in the Sequence Listing as SEQ ID NOS:1-12. Examples of preferred primers for discriminating between EV71 and CA16 are set forth in the Sequence Listing as SEQ ID NOS:1-4.

L'invention concerne des acides nucléiques pouvant être utilisés comme amorces dans des réactions d'amplification ou de séquençage visant, respectivement, à amplifier ou à séquencer rapidement des acides nucléiques EV71. Un groupe préféré d'acides nucléiques, lorsqu'il est utilisé comme paires d'amorces dans des réactions d'amplification, détecte EV71 avec une spécificité et une sensibilité importantes. Grâce à ces paires préférées d'amorces, la spécificité des procédés d'amplification est telle que l'acide nucléique EV71 est amplifié à un niveau détectable, tandis que l'ADN CA16 ne l'est pas. Les amorces d'acide nucléique de la présente invention contiennent des bases mixtes ou des restes de déoxyinosine à des positions de dégénérescence de codons. Des exemples d'amorces d'acide nucléique pour l'amplification et le séquençage de l'acide EV71 sont illustrés dans la liste des séquences sous SEQ ID NOS : 1-12. Des exemples d'amorces préférées pour la discrimination entre EV71 et CA16 sont illustrés dans la liste des séquences sous SEQ ID NOS : 1-4.

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