Snap-back primers and detectable hairpin structures

Details Snap-back primers and detectable hairpin structures Snap-back primers and detectable hairpin structures

C - Chemistry, Metallurgy

12

P

C12P 19/34 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2665188

The present invention provides methods, compositions, and kits comprising snap- back primers used for forming 3' hairpin structures, 5' hairpin structures, and double hairpin structures. The hairpin structures may be used for detecting target sequences (e.g., such as small RNA target sequence), for detecting polymorphisms in target sequences (e.g., such as polymorphisms located near the 5' or 3' ends of the target sequence), or other nucleic acid characterization methods. In certain embodiments, the hairpin structures form invasive cleavage structures (e.g., in combination with a probe or upstream oligonucleotide) which may be cleaved by structure-specific enzymes in order to detect the presence or absence of a particular nucleotide or nucleotide sequence.

L'invention concerne des procédés, des compositions et des kits contenant des amorces snap-back utilisées pour former des structures en épingle à cheveux 3', des structures en épingle à cheveux 5' et des structures en épingle à cheveux doubles. Ces structures en épingle à cheveux peuvent être utilisées pour détecter des séquences cibles (une séquence cible de petits ARN, par exemple), pour détecter des polymorphismes dans des séquences cibles (des polymorphismes situés à proximité des extrémités 5' ou 3' de la séquence cible) ou dans d'autres procédés de caractérisation d'acides nucléiques. Dans certains modes de réalisation, les structures en épingle à cheveux forment des structures de clivage invasif (en combinaison avec une sonde ou un oligonucléotide amont, par exemple) pouvant être clivées par des enzymes spécifiques de structures afin de détecter la présence ou l'absence d'un nucléotide particulier ou d'une séquence nucléotidique particulière.

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