Statistical validation of candidate genes

Details Statistical validation of candidate genes Statistical validation of candidate genes

G - Physics

06

F

G06F 19/18 (2011.01) G06F 19/24 (2011.01)

Patent

CA 2745257

Provided herein are methods for evaluating associations be-tween candidate markers and a trait of interest in a plant population. In var-ious embodiments, the plant population is a breeding population, particu-larly early stage breeding populations. The methods include obtaining a genotypic value for candidate markers and correlating the marker with the trait. Various association models can be used to evaluate the association, and include statistical methods relevant to the structure of plant breeding populations. Population structure may be accounted for in the association models by using Principle Component Analysis. Further provided is a nov-el statistical approach for association mapping in early stage breeding ma- terials using a transmission disequilibrium based methodology. Markers identified using the methods of the invention can be used in marker assist-ed breeding and selection, for constructing genetic linkage maps, to identi-fy genes contributing to a trait of interest, and for generating transgenic plants having a desired trait.

L'invention porte sur des procédés d'évaluation d'associations entre des marqueurs candidats et un caractère d'intérêt dans une population végétale. Dans divers modes de réalisation, la population végétale est une population d'amélioration génétique, en particulier des populations d'amélioration génétique à un stade précoce. Les procédés comprennent l'obtention d'une valeur de génotype pour des marqueurs candidats et la corrélation du marqueur au caractère. Divers modèles d'association peuvent être utilisés pour évaluer l'association, et comprennent des procédés statistiques pertinents pour la structure des populations d'amélioration génétique végétales. La structure de population peut être prise en compte dans les modèles d'association à l'aide d'une analyse en composantes principales. L'invention porte également sur une nouvelle approche statistique pour une cartographie d'association dans des matériaux d'amélioration génétique à un stade précoce à l'aide d'une méthodologie basée sur un déséquilibre de transmission. Des marqueurs identifiés à l'aide des procédés de l'invention peuvent être utilisés pour une amélioration génétique et une sélection assistées par marqueur, pour la construction de cartes de liaison génétique, pour identifier des gènes contribuant à un caractère d'intérêt, et pour générer des plantes transgéniques ayant un caractère voulu.

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