Subtractive amplification

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01)

Patent

CA 2252801

A method is provided for preferentially amplifying target RNA relative to non- target RNA in a sample of tester RNA. According to the method, a sample of tester RNA is contacted with driver sequences which are complementary to the non-target RNA under conditions where the driver sequences hybridize to the non-target RNA. A nucleic acid primer is then extended using the target RNA as a template, forming a DNA template complementary to some or all of the target RNA. The DNA template formed using the target RNA as template is then rendered single-stranded to enable the hybridization of the DNA template to a promoter template. The DNA template is then extended using the promoter template to form an extended DNA template comprising a functional double-stranded promoter. Multiple copies of the target RNA sequence can now be transcribed from the extended DNA template through recognition of the contained functional double-stranded promoter by RNA polymerase.

Cette invention se rapporte à un procédé pour amplifier de préférence un ARN cible par rapport à un ARN non cible dans un échantillon d'ARN testeur. Selon ce procédé, un échantillon d'ARN testeur est mis en contact avec des séquences pilotes qui sont complémentaires de l'ARN non cible dans des conditions où les séquences pilotes s'hybrident à l'ARN non cible. Une amorce d'acide nucléique est ensuite étendue, au moyen de l'ARN cible en tant que matrice, de façon à former une matrice d'ADN complémentaire d'une partie ou de la totalité de l'ARN cible. La matrice d'ADN formée au moyen de l'ARN cible comme matrice est ensuite rendue monocaténaire, pour permettre l'hybridation de la matrice d'ADN à une matrice promotrice. La matrice d'ADN est ensuite étendue au moyen de la matrice promotrice, pour former une matrice d'ADN étendue, comprenant un promoteur bicaténaire fonctionnel. Des copies multiples de la séquence d'ARN cible peuvent alors être transcrites à partir de la matrice d'ADN étendu, par reconnaissance du promoteur bicaténaire fonctionnel contenu par l'ARN-polymérase.

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