G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/567 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2608437
Methodology for the automated selection and/or optimization of T-cell epitopes is disclosed. The invention provides a data processing system which utilizes sequence-based statistical pattern recognition to compute an epitope selection matrix based on the informational content of epitopes known to bind to a particular major histocompatibility class I allele. The resulting Bayes- corrected scoring matrix is used to predict the relative binding affinities of candidate T-cell epitopes derived from immunologically relevant antigens of self or foreign origin. One aspect of the invention describes an analytical method for identification of modifications in known or predicted T-cell epitopes, that confer upon the epitopes the ability to elicit stronger cellular immune response due to more efficient processing and/or presentation to T-cells. The disclosed epitope identification algorithm is applicable to the design of vaccines for infectious diseases, cancer and autoimmune diseases as well as for developing methods for the in vitro evaluation of cellular immunity.
L'invention concerne une méthodologie permettant de sélectionner et/ou d'optimiser des épitopes des lymphocytes T. L'invention concerne également un système de traitement de données qui utilise la reconnaissance statistique des formes basée sur une séquence afin de calculer une matrice de sélection d'épitope basée sur le contenu informationnel des épitopes connus pour se lier à un allèle majeur particulier d'histocompatibilité de classe I. La matrice d'estimation résultante à correction bayesienne est utilisée pour prédire les affinités de liaison relatives des épitopes des lymphocytes T candidats dérivés d'antigènes immunologiquement pertinents de soi ou d'origine étrangère. Selon un aspect, l'invention concerne une méthode analytique permettant d'identifier des modifications dans des épitopes des lymphocytes T connus ou prédits pouvant conférer à ces épitopes la capacité de déclencher une réponse immunitaire cellulaire plus forte due à un traitement et/ou une présentation plus efficace des lymphocytes T. L'algorithme d'identification d'épitope peut s'appliquer à la conception des vaccins contre les maladies infectieuses, le cancer et les maladies auto-immunes ainsi qu'à des méthodes de développement destinées à l'évaluation in vitro de l'immunité cellulaire.
Bagchi Ansuman
Bailey Wendy
Fridman Arthur
Merck & Co. Inc.
Merck Sharp & Dohme Corp.
Norton Rose Or S.e.n.c.r.l. S.r.l./llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1845707