C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2679511
In one embodiment of the invention a method for detecting low frequency occurrence of one or more HIV sequence variants associated with drug resistance is describe that comprises generating cDNA species from RNA molecules in an HIV sample population; amplifying first amplicons from the cDNA species, wherein each amplicon comprises amplified copies and is amplified with a pair of nucleic acid primers that define a locus; clonally amplifying the amplified copies of the first amplicons to produce second amplicons that comprise an immobilized population of substantially identical copies from one of the amplified copies of first amplicons; determining a nucleic acid sequence composition from at least 100 of the immobilized populations in parallel on a single instrument; detecting one or more sequence variants that occur at a frequency of 5% or less in the nucleic acid sequence composition of the at least 100 immobilized populations; and correlating the detected sequence variants with variation associated with HIV drug resistance.
L'invention concerne un procédé pour détecter l'apparition à faible fréquence d'un ou de plusieurs variants de séquence de VIH associés à une résistance à un médicament, comprenant les étapes consistant à générer une espèce d'ADNc à partir de molécules d'ARN dans une population échantillon de VIH; amplifier des premiers amplicons provenant de l'espèce d'ADNc, chaque amplicon comprenant des copies amplifiées, et étant amplifié avec une paire d'amorces d'acide nucléique définissant un lieu; amplifier par clonage les copies amplifiées des premiers amplicons pour produire des seconds amplicons qui comprennent une population immobilisées de copies sensiblement identiques provenant d'une des copies amplifiées des premiers amplicons; déterminer une composition de séquence d'acide nucléique à partir d'au moins 100 des populations immobilisées en parallèle sur un instrument unique; détecter un ou plusieurs variants de séquence qui surviennent à une fréquence de 5 % ou moins dans la composition de séquence d'acide nucléique des au moins 100 populations immobilisées; et mettre en corrélation les variants de séquence détectés avec une variation associée à une résistance à un médicament contre le VIH.
Lubeski Christine
Simen Birgitte Binderup
Simons Jan Fredrik
454 Life Sciences Corporation
Ridout & Maybee Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2072784