C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01)
Patent
CA 2742754
An embodiment of a method for detecting low frequency occurrence of one or more HIV sequence variants associ-ated with integrase is described that comprises the steps of: (a) generating a cDNA species from a plurality of RNA molecules in an HIV sample population; (b) amplifying a plurality of first amplicons from the cDNA species, wherein each first amplicon is amplified with a pair of nucleic acid primers; (c) clonally amplifying the amplified copies of the first amplicons to produce a plu-rality of second amplicons; (d) determining a nucleic acid sequence composition of the second amplicons; (e) detecting one or more sequence variants that occur at a frequency of 5% or less in the nucleic acid sequence composition of the second amplicons; and (f) correlating the detected sequence variants with variation associated with HIV integrase.
La présente invention concerne un mode de réalisation dun procédé pour détecter loccurrence à faible fréquence dun ou plusieurs variants de séquence de VIH associés à lintégrase qui comprend les étapes consistant à : (a) générer une espèce dADNc à partir dune pluralité de molécules dARN dans une population déchantillon de VIH ; (b) amplifier une pluralité de premiers amplicons à partir de lespèce dADNc, où chaque premier amplicon est amplifié avec une paire damorces dacide nucléique ; (c) amplifier par clonage les copies amplifiées des premiers amplicons pour produire une pluralité de deuxièmes amplicons ; (d) déterminer une composition de séquence dacide nucléique des deuxièmes amplicons ; (e) détecter un ou plusieurs variants de séquence qui surviennent à une fréquence de 5 % ou moins dans la composition de séquence dacide nucléique des deuxièmes amplicons ; et (f) corréler les variants de séquence détectés avec une variation associée à lintégrase de VIH.
Simen Birgitte Binderup
St. John Elizabeth Patricia
F.hoffmann-La Roche Ag
Norton Rose Or S.e.n.c.r.l. S.r.l./llp
LandOfFree
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