System and method for detection of hla variants

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2758753

A method for detecting one or more HLA sequence types is described that comprises the steps of: amplifying a plurality of first amplicons from a double stranded nucleic acid sample, wherein the first amplicons are amplified with a plurality of pairs of nucleic acid primers that define exons 2 and 3 of both strands of HLA loci from the group consisting of HLA-A, HLA-B, and HLA-C; amplifying the first amplicons to produce a plurality of populations of second amplicons, wherein each population of second amplicons is clonally amplified from one of the first amplicons; sequencing the plurality of populations of second amplicons to generate a nucleic acid sequence composition for each of the plurality of second amplicons; and detecting variation in the sequence composition from one or more of the second amplicons for one or more of the HLA loci..

La présente invention concerne un procédé pour détecter un ou plusieurs types de séquence HLA qui comprend les étapes consistant à amplifier une pluralité de premiers amplicons d'un échantillon d'acide nucléique bicaténaire, les premiers amplicons étant amplifiés avec une pluralité de paires d'amorces d'acide nucléique qui définissent des exons 2 et 3 des deux brins de locus HLA du groupe constitué de HLA-A, HLA-B, et HLA-C; à amplifier les premiers amplicons pour produire une pluralité de populations de deuxièmes amplicons, chaque population de deuxièmes amplicons étant amplifiée de façon clonale à partir d'un des premiers amplicons; à séquencer la pluralité de populations de deuxièmes amplicons pour générer une composition de séquence d'acide nucléique pour chacun de la pluralité de deuxièmes amplicons; et à détecter une variation de la composition de séquence d'un ou plusieurs des deuxièmes amplicons pour un ou plusieurs des locus HLA.

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