G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 19/24 (2011.01) C07K 14/005 (2006.01) C07K 14/11 (2006.01) A61K 39/145 (2006.01)
Patent
CA 2565006
A method and system are disclosed for identifying and/or locating complex patterns in an amino acid sequence stored in a computer file or database. According to an aspect of the present invention, techniques are provided to facilitate queries of protein databases. For protein descriptions received in response to the queries, embodiments of the present invention may scan the received protein descriptions to identify and locate Replikin patterns. A Replikin pattern is defined to be a sequence of 7 to about 50 amino acids that include the following three (3) characteristics, each of which may be recognized by an embodiment of the present invention: (1) the sequence has at least one lysine residue located six to ten amino acid residues from a second lysine residue; (2) the sequence has at least one histidine residue; and (3) at least 6% of the amino acids in the sequence are lysine residues.
L'invention concerne un procédé et un système permettant d'identifier et/ou de localiser des modèles complexes dans une séquence d'acides aminés stockée dans un fichier informatique ou une base de données. Selon un aspect de la présente invention, des techniques permettent de faciliter des requêtes de bases de données de protéines. Pour des descriptions de protéines reçues en réponse aux requêtes, des modes de réalisation de cette invention ont pour objet le balayage des descriptions de protéines reçues en vue d'identifier et de localiser des modèles de Replikin. Un modèle de Replikin est défini de manière à former une séquence de 7 à environ 50 acides aminés qui comprennent les trois caractéristiques suivantes (chacune de celles-ci pouvant être reconnue par un mode de réalisation de l'invention) : (1) la séquence présente au moins un résidu de lysine localisé, six à dix résidus d'acides aminés provenant d'un second résidu de lysine, (2) la séquence présente au moins un résidu d'histidine, et (3) au moins 6 % des acides aminés dans la séquence sont des résidus de lysine.
Bogoch Elenore S.
Bogoch Samuel
Bogoch Samuel Winston
Borsanyi Anne Elenore
Bogoch Elenore S.
Bogoch Samuel
Bogoch Samuel Winston
Borsanyi Anne Elenore
Mccarthy Tetrault Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1575223