G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/10 (2006.01) G06F 19/00 (2011.01)
Patent
CA 2653349
Computerized systems and methods are used to create a model of interaction energies between a group of bodies, such as molecules or atoms in solution. A computer simulation of the molecular interactions of bodies in solution is performed by first creating a coordinate system that defines a position of each body in a two dimensional or a three-dimensional space. The system then divides the coordinate system into subsections (202) called bins. Bins (202) may be of different sizes. The number and size of bins varies depending on the number of bodies and each body's calculated position in the coordinate system. The number of bins is optimized, selected so that a maximum number of bins (202) contain only one body. This means there is also a corresponding minimum number of bins that contain either multiple bodies or no bodies. The systems and methods select a radius at which, at a certain distance from a selected molecule, the effect of other molecules on the selected molecule approximates zero. The binning system thus computes all of the significant interactions between N bodies in a solution without missing interacting pairs of bodies and without testing every possible interaction
Cette invention concerne des procédés et des systèmes informatisés utilisés pour créer un modèle d'énergies d'interaction entre un groupes de corps, tel que des molécules ou des atomes dans une solution. Une simulation informatique des interactions moléculaire des corps dans une solution est mise en oeuvre, dans un premier temps, en créant une système de coordonnées qui définit une position de chaque corps dans un espace en deux dimensions ou en trois dimensions. Ensuite, le système divise le système de coordonnées en sous-sections appelées compartiments. Les compartiments peuvent être de différentes formes. Le nombre et la taille des compartiments varient en fonction du nombre de corps et de la position calculée de chaque corps dans le système de coordonnées. Le nombre des compartiments est optimisé et sélectionné de telle sorte qu'un nombre maximum de compartiment ne contiennent qu'un seul corps. Cela signifie qu'il faut également un nombre minimum correspondant de compartiments contenant soit plusieurs corps, soit aucun corps. Les systèmes et les procédés décrits dans cette invention consistent à sélectionner un rayon auquel, à une certaine distance d'une molécule sélectionnée, l'effet d'autres molécules sur la molécule sélectionnée est proche de zéro. Le système de compartimentation calcule ensuite toutes les interactions significatives entre N corps dans une solution sans oublier les paires de corps interagissant et sans tester chaque interaction possible.
Fejes Peter
Swaminathan Ganesan
Vieceli Silvio
Gowling Lafleur Henderson Llp
Zymeworks Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1502505