C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2727158
A system and methods of sequencing a nucleic acid by detecting the identity of a fluorescent nucleotide analogue incorporated at the 3' end of a growing nucleic acid strand are provided. One method includes the steps of (a) immobilizing a plurality of complexes comprising a template nucleic acid, a primer configured to hybridize to the template and a polymerase, at a plurality of optical sensing sites of a substrate, wherein the substrate is part of a waveguide-based optical scanning system; (b) extending the primer by a single nucleotide with the polymerase and one or more fluorescent nucleotide analogues using a polymerase extension reaction, wherein each type of fluorescent nucleotide analogue comprises a unique fluorescent tag optionally configured to inhibit further primer extension and/or a blocking agent at the 3' end and wherein incorporation of the fluorescent nucleotide analogue reversibly terminates the polymerase extension reaction; (c) detecting the unique tag of the fluorescent nucleotide analogue by optically scanning the substrate using the optical scanning system to identify the fluorescent nucleotide analogue incorporated by the polymerase reaction; (d) recording the results of the optical scanning of the substrate; (e) reversing the termination of the polymerase extension reaction by providing a photo-cleaving pulse of light to one or more of the optical sensing sites of the substrate to cleave the fluorescent tag or the blocking agent; and (f) repeating steps (b) through (e).
L'invention porte sur un système et des procédés de séquençage d'un acide nucléique par la détection de l'identité d'un analogue nucléotidique fluorescent incorporé au niveau de l'extrémité 3' d'un brin d'acide nucléique en cours de croissance. Un procédé comprend les étapes consistant à (a) immobiliser une pluralité de complexes comprenant un acide nucléique matrice, une amorce conçue pour s'hybrider à la matrice et une polymérase, à une pluralité de sites de détection optique d'un substrat, le substrat faisant partie d'un système de balayage optique à base de guide d'onde ; (b) allonger l'amorce d'un seul nucléotide avec la polymérase et un ou plusieurs analogues nucléotidiques fluorescents à l'aide d'une réaction d'allongement par polymérase, chaque type d'analogue nucléotidique fluorescent comprenant un marqueur fluorescent unique facultativement conçu pour inhiber un autre allongement d'amorce et/ou un agent de blocage au niveau de l'extrémité 3' et l'incorporation de l'analogue nucléotidique fluorescent terminant de façon réversible la réaction d'allongement par polymérase ; (c) détecter le marqueur unique de l'analogue nucléotidique fluorescent par balayage optique du substrat à l'aide du système de balayage optique pour identifier l'analogue nucléotidique fluorescent incorporé par la réaction par polymérase ; (d) enregistrer les résultats du balayage optique du substrat ; (e) annuler la terminaison de la réaction d'allongement par polymérase par application d'une impulsion de lumière de photoclivage à un ou plusieurs des sites de détection optique du substrat pour cliver le marqueur fluorescent ou l'agent de blocage ; et (f) répéter les étapes (b) à (e).
Duer Reuven
Herron James
Plc Diagnostics Inc.
Smart & Biggar
LandOfFree
System and method for nucleic acids sequencing by phased... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with System and method for nucleic acids sequencing by phased..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and System and method for nucleic acids sequencing by phased... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1899381