G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/68 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2493956
The present invention relates to a system and method for scoring peptide matches. Embodiments of the present invention improves identification of peptides and proteins by introducing an appropriate signal detection based scoring system and what is believed to be the new concept of an extended match. To score a match between a first peptide and a second peptide, a stochastic model may be generated based on one or more match characteristics associated with the first peptide, the second peptide and their fragments. A first probability that the first peptide matches the second peptide, and a second probability that the first peptide does not match the second peptide, may be calculated based on the stochastic model. And a match between the first peptide and the second peptide may be scored based at least in part on a ratio between the first probability and the second probability.
L'invention concerne un système et un procédé d'évaluation de correspondances entre peptides. Des formes de réalisation de l'invention permettent d'améliorer l'identification de peptides et de protéines par l'introduction d'un système d'évaluation fondé sur la détection d'un signal approprié, susceptible de constituer un nouveau concept de correspondance étendue. Pour évaluer une correspondance entre un premier peptide et un deuxième peptide, un modèle stochastique peut être produit sur la base d'une ou de plusieurs caractéristiques de correspondance associées au premier peptide, au deuxième peptide et à leurs fragments. Une première probabilité que le premier peptide présente des correspondances avec le deuxième peptide, et une deuxième probabilité que le premier peptide ne présente pas de correspondances avec le deuxième peptide, peuvent être calculées sur la base du modèle stochastique. Et une correspondance entre le premier peptide et le deuxième peptide peut être évaluée au moins partiellement sur la base d'un rapport entre la première probabilité et la deuxième probabilité.
Colinge Jacques
Masselot Alexandre
Geneva Bioinformatics S.a.
Robic
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1747606