G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2424031
A method and system are provided for comparing ordered segments of a first DNA restriction map to determine a level of accuracy the first DNA map and/or the second DNA map. In particular, the first and second DNA maps can be received (the first DNA map corresponding to a sequence DNA map, and the second DNA map corresponding to a genomic consensus DNA map as provided in an optical DNA map). Then, the accuracy of the first DNA map and/or the second DNA map is validated based on information associated with the first and second DNA maps. In addition, a method and system are provided for aligning a plurality of DNA sequences with a ordered DNA restriction map. The DNA sequences and the DNA map are received (the DNA sequences being fragments of a genome and the DNA map corresponding to a genomic consensus DNA map which relates to an optical ordered DNA map). Then, a level of accuracy of the DNA sequences and the DNA map is obtained based on information associated with the DNA sequences and the DNA map by means of the method and system described above. The locations of the DNA map at which the DNA sequences are capable of being associated with particular segments of the DNA map are located. Furthermore, it is possible to obtain locations of the DNA map(without the validation) by locating an optimal one of the locations for each of the DNA sequences for each of the locations.
L'invention porte sur un procédé et un système de comparaison de segments ordonnés d'une première carte de restriction d'ADN pour déterminer le niveau de précision de cette première carte d'ADN et/ou celui d'une deuxième carte d'ADN. En particulier, la première et la deuxième carte d'ADN peuvent être reçues (la première correspondant à une séquence de carte d'ADN, et la deuxième, à une carte de consensus génomique d'ADN qu'on trouve dans une carte optique d'ADN). On valide ainsi la précision de la première et de la deuxième carte d'ADN sur la base des informations qui leur sont associées. L'invention porte également sur un procédé et un système d'alignement d'une série de séquences d'ADN sur une carte d restriction d'ADN ordonnée. Les séquences d'ADN et la carte d'ADN sont reçues (les séquences d'ADN étant des fragments de génome, et la carte d'ADN correspondant à une carte de consensus génomique d'ADN se rapportant à une carte optique d'ADN ordonnée). Le niveau de précision des séquences d'ADN et de la carte d'ADN est alors obtenu sur la base d'informations leur étant associées grâce au procédé et au système décrits ci-dessus. On localise les emplacements de la carte d'ADN où des séquences d'ADN susceptibles d'être associées à des segments particuliers de la carte d'ADN. On peut en outre d'obtenir les emplacements de la carte d'ADN (sans la validation) en localisant l'un des emplacements optimaux de chacune des séquences d'ADN pour chacun des emplacements.
Anantharaman Thomas
Antoniotti Marco
Mishra Bhubaneswar
Paxia Salvatore
Schwartz David C.
New York University
Smart & Biggar
Wisconsin Alumni Research Foundation
LandOfFree
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