C - Chemistry – Metallurgy – 40 – B
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
40
B
C40B 40/06 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/00 (2006.01) C40B 40/08 (2006.01) C40B 40/10 (2006.01) C40B 50/06 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)
Patent
CA 2470965
This invention provides the systematic and oriented codon-based high- throughput methods for the identification of both known and unknown sequences. The identification are focused on the sequences of ORF of the gene and the corresponding transcriptional and translational products (RNA and peptide sequences) such as 5.prime.-end from the start codon, 3.prime.-end from the stop codon and two consecutive codon sequence which is recognized by a restriction enzyme between 5'-end and 3.prime.-end of a sequence. The present invention provides the relevant genetic algorithms for the sequence identification and library construction, such as 61 (n-1) / 20 (n-1), 61 n / 20 n , 61 (n-2) / 20 (n-2). It also provides the genetic algorithms of 64 (n-1) and 64 n to define 5'-UTR, 3'-UTR in order to deduce oligonucleotide sequences which span start codon and stop codon respectively. The present invention classified oligonucleotides in accordance with the G+C content to provide uniformed hybridization conditions. Applications include PCR, cloning, dot-blot hybridization, library construction, sequence determination, signature sequence and signature signal identification, ELISA, DNA and protein microarrays.
L'invention concerne des méthodes systématiques et orientées à haut rendement, portant sur des codons, servant à l'identification de séquences connues ou inconnues. Ces méthodes d'identification se concentrent sur les séquences de cadres ouverts de lecture (ORF) du gène et les produits transcriptionnels et traductionnels correspondants (séquences d'ARN et de peptides), telles que l'extrémité 5' du codon initiateur, l'extrémité 3' du terminateur et deux séquences de codon consécutives reconnues par une enzyme de restriction entre l'extrémité 5' et 3' d'une séquence. La présente invention concerne également des algorithmes génétiques correspondants destinés à l'identification de séquences et à la construction d'une banque, telle que 61 (n-1) / 20 (n-1), 61 n / 20 n , 61 (n-2) / 20 (n-2). L'invention concerne également les algorithmes génétiques de 64 (n-1) et 64 n , permettant de définir la région 5' non traduite et la région 3' non traduite (5'-UTR et 3'-UTR) et de déduire les séquences oligonucléotidiques qui s'étendent entre le codon initiateur et terminateur. L'invention concerne également des oligonucléotides classés en fonction de leur contenu G+C pour fournir des conditions d'hybridation uniformisées. Les méthodes de l'invention peuvent être utilisées pour des réactions en chaîne de la polymérase, pour le clonage, pour l'hybridation sur tache, pour la construction de banques génomiques, pour la détection de séquences, pour l'identification de signatures et de signaux, pour des dosages immunoenzymatiques, pour des microréseaux d'ADN et de protéines.
Chen Tao
Chen Te-Ming
Li Jinghan
Chen Tao
Li Jinghan
Na
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