Systems and methods for cell-centric simulation and...

G - Physics – 06 – F

Patent

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Details

G06F 19/12 (2011.01) C12Q 1/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C12N 5/00 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01)

Patent

CA 2698381

Systems and methods are provided herein that enable computer-implemented modeling of a biological event. Cell-based models produced from such systems and methods are also disclosed. In some embodiments, systems and methods are provided for cell-centric simulation with accommodating environment feedback. In one embodiment, a computer-implemented method of modeling a biological event can include receiving configurable simulation information and initializing an ontogeny engine to an initial step boundary in accordance with the configurable simulation information. The method can also include advancing the ontogeny engine from a current step boundary to a next step boundary in accordance with the configurable simulation information and the current step boundary. The advancing can include performing a stepCells function. The method can further include continuing the advancing until a halting condition is encountered. In some embodiments, simulation of biological events includes modeling biological processes, such as development of multicellular tissue and differentiation of pluripotent cells.

La présente invention concerne des systèmes et procédés qui permettent la modélisation mise en uvre par ordinateur d'un événement biologique. L'invention concerne aussi des modèles basés sur des cellules produits à partir de tels systèmes et procédés. Dans certains modes de réalisation, des systèmes et des procédés permettent une simulation centrée sur des cellules avec une rétroaction d'environnement adaptée. Dans un mode de réalisation, un procédé mis en uvre par ordinateur de modélisation d'un événement biologique peut consister à recevoir des informations de simulation configurables et à initialiser un moteur d'ontogenèse à une frontière d'étape initiale selon les informations de simulation configurables. Le procédé peut également consister à faire avancer le moteur d'ontogenèse d'une frontière d'étape actuelle à une frontière d'étape suivante selon des informations de simulation configurables et la frontière d'étape actuelle. L'avancement peut consister à exécuter une fonction "stepCells". Le procédé peut en outre consister à poursuivre l'avancement jusqu'à rencontrer une condition d'arrêt. Dans certains modes de réalisation, la simulation d'événements biologiques consiste à modéliser des processus biologiques, tels que le développement d'un tissu multicellulaire et la différenciation de cellules pluripotentes.

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