Systems and methods for constructing genomic-based...

G - Physics – 01 – N

Patent

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G01N 33/48 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) G06G 7/48 (2006.01) G06G 7/58 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2488399

The invention provides a computer implemented process for constructing a scalable output network model for a bioparticle. The process includes computer implemented steps of: (a) accessing a database of network gene components including an annotated network set of open reading frames (ORFs) of a bioparticle genome, (b) forming a data structure associating the network gene components with network reaction components, the data structure establishing a data set specifying a network model of connectivity and flow of the network reaction components, and (c) transforming the data set into a mathematical description of reactant fluxes defining the network model of connectivity and flow, wherein the mathematical description defines a scalable output network model of a bioparticle.

L'invention concerne un procédé informatique d'élaboration d'un modèle de réseau de sortie à échelle variable pour une bioparticule. Ce procédé consiste à: (a) accéder à une base de données sur des composants géniques de réseau, dont un ensemble de réseau annoté de cadres de lecture ouverts d'un génome de bioparticule, (b) créer une structure de données associant les composants géniques du réseau aux composants de réaction du réseau, laquelle structure de données permet de définir un ensemble de données spécifiant un modèle de réseau de connectivité et de flux de composants de réaction de réseau, et (c) transformer l'ensemble de données en une description mathématique des flux de réactifs définissant les modèles de réseau de connectivité et de flux, cette description mathématique définissant un modèle de réseau de sortie à échelle variable pour une bioparticule.

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