T cell epitope databases

C - Chemistry – Metallurgy – 40 – B

Patent

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Details

C40B 30/02 (2006.01) G06F 19/28 (2011.01) C07K 1/00 (2006.01) C40B 50/02 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2666320

The invention relates to databases of T cell epitopes, especially helper T cell epitopes, for rapid interrogation of protein sequences for the presence of T cell epitopes. The invention includes full or partial databases and data structures of T cell epitopes including epitopes identified especially by ex vivo T cell assays with test peptides and includes T cell epitopes identified by extrapolation of data from test peptides. The present invention also includes high throughput methods for determining the T cell epitope activity of peptides for subsequent inclusion in databases and data structures including methods where subsets of T cells especially regulatory T cells are removed or inhibited from T cell assays in order to maximize the sensitivity of detection of T cell epitope activity.

La présente invention concerne des bases de données d'épitopes de lymphocytes T, plus particulièrement d'épitopes de lymphocytes T auxiliaires, permettant d'interroger rapidement des séquences de protéines en vue de détecter la présence d'épitopes de lymphocytes T. L'invention comprend des bases et des structures de données partielles ou entières d'épitopes de lymphocytes T comprenant des épitopes identifiés tout particulièrement grâce à des dosages de lymphocytes T ex vivo avec des peptides test, et comporte aussi des épitopes de lymphocytes T identifiés par extrapolation de données à partir de peptides test. La présente invention porte également sur des procédés à haut rendement destinés à déterminer l'activité d'un épitope de lymphocyte T provenant de peptides en vue de l'inclure par la suite dans des bases et des structures de données comprenant des procédés où des sous-populations de lymphocytes T, plus particulièrement des lymphocytes T régulateurs, sont retirés des ou inhibés dans les dosages de lymphocytes T afin d'optimiser la sensibilité de la détection de l'activité de l'épitope de lymphocyte T.

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