C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2569379
The present invention provides a novel class of molecules, termed ~compomers~, that enable the indirect detection of target molecules, as well as novel target detection reagents and compomer templates that encode compomers. Compomers are linear polymers generated from the compomer template portion of a target detection reagent during the course of an assay. In a given assay, each compomer species is correlated with a different target molecule, e.g., a carbohydrate, lipid, polypeptide, or target nucleic acid, particularly a specific nucleotide sequence within a target nucleic acid molecule. When, for example, a target nucleic acid is present in an assay, a compomer species specifically and uniquely correlated with the particular target (e.g., a known SNP or other genetic variant) is generated directly from a target-specific detection reagent (or indirectly from a larger precursor encoded by the compomer template and from which it is subsequently released), after which it can readily be detected, even in an assay where tens, hundreds, or thousands of different compomer species may be generated, as each compomer species is engineered to differ from the others by a small, resolvable defined characteristic (e.g., a mass increment, a difference in subunit composition, sequence, size, length, etc.). When coupled with highly sensitive detection techniques (e.g., MALDI-TOF mass spectrometry, nucleic acid hybridization, nuclear magnetic resonance, etc.), a large number of different compomer species can be detected in a single reaction, thereby facilitating highly multiplexed analyses of complex samples.
La présente invention concerne une nouvelle classe de molécules, appelées <= compomères >=, qui permettent la détection indirecte de molécules cible, ainsi que de nouveaux réactifs de détection de cible et des matrices de compomère codantes pour ces compomères. Les compomères sont des polymères linéaires générés à partir d'une partie de matrice de compomère d'un réactif de détection de cible au cours d'un dosage. Dans un dosage donné, chaque espèce chimique de compomère est corrélée avec une molécule cible différente, par exemple un glucide, un lipide, un polypeptide ou un acide nucléique cible, en particulier une séquence nucléotidique spécifique dans une molécule d'acide nucléique cible. Lorsque, par exemple, un acide nucléique cible est présent dans un dosage, une espèce chimique de compomère spécifiquement et uniquement corrélée à cette cible particulière (par exemple un SNP connu ou un autre variant génétique) est générée directement à partir du réactif de détection spécifique de cible (ou indirectement à partir d'un précurseur plus grand codé par la matrice de compomère à partir duquel elle est ensuite libérée), après quoi elle peut être immédiatement détectée, même dans un dosage dans lequel des dizaines, des centaines voire des milliers d'espèces chimiques de compomère différentes peuvent être générées, dans la mesure où chaque espèce chimique de compomère est construite de façon à différer des autres par une petite caractéristique définie résoluble (par exemple une augmentation de masse, une différence dans la composition de sous unité, dans la séquence, la taille, la longueur, etc.). Lorsqu'elles sont couplées avec des techniques de détection sensibles (par exemple la spectrométrie de masse MALDI-TOF, l'hybridation d'acide nucléique, la résonance magnétique nucléaire, etc.) un grand nombre d'espèces chimiques de compomère différentes peuvent être détectées dans une seule réaction, facilitant ainsi des analyses hautement multiplexées d'échantillons de complexes. .
Ehrich Mathias
Van Den Boom Dirk Johannes
Sequenom Inc.
Smart & Biggar
LandOfFree
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