Template-independent ligation of single-stranded dna

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – P

Patent

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Details

C12P 19/34 (2006.01) C12N 15/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C12N 9/00 (2006.01)

Patent

CA 2751470

The invention provides ligation reaction mixtures, methods, and kits for improved template-independent in-tramolecular ligation (circularization) of linear ssDNA, including denatured gDNA fragments or first-strand cDNA made by re-verse transcription of RNA, using, for example, a thermostable RNA ligase. The circular ssDNA molecules obtained using the im-proved ligation reaction mixtures and methods can be used, for example, as templates: for amplification by inverse PCR, rolling circle replication, transcription, or for massively parallel DNA sequencing. Applications include, for example: gene expression analysis by qPCR or using microarrays; analysis of gDNA copy number variation; and detection or quantification of specific nu-cleic acid sequences for research, screening, medical diagnostics, theranostics, personalized medical treatment or breeding, for purposes such as human or animal medicine, forensics, or agriculture.

L'invention concerne des mélanges, des procédés et des trousses de réaction de ligature, pour une ligature intramoléculaire améliorée indépendante de la matrice (circularisation) d'ADNss linéaire, comprenant des fragments d'ADNg dénaturé ou de l'ADNc premier brin obtenu par transcription inverse d'ARN à l'aide, par exemple, d'une ARN ligase thermostable. Les molécules d'ADNss circulaire obtenues à l'aide des mélanges et procédés améliorés de réaction de ligature peuvent être utilisées, par exemple en tant que matrices : pour une amplification par PCR inverse, réplication de cercle tournant, transcription ou pour un séquençage d'ADN massivement parallèle. Les applications comprennent, par exemple : l'analyse de l'expression génique par PCRq ou à l'aide de microréseaux ; l'analyse de la variation du nombre de copies d'ADNg, et la détection ou la quantification de séquences d'acide nucléique spécifiques pour la recherche, le criblage, les diagnostics médicaux, la théranostique, le traitement médical personnalisé ou la sélection, à des fins de médecine humaine ou animale, de médecine légale ou d'agriculture.

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