G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/50 (2006.01)
Patent
CA 2501591
A cluster analysis of three-dimensional structural activity correlation method, comprising process B1 of determining the coordinates of each of the atoms contained in multiple molecules piled on each other in a virtual space; process B2 of calculating the atomic distances between each atom and other atoms and identifying not only the shortest atomic distance among the calculated atomic distances but also two atoms constituting the shortest atomic distance; process B3 of, when the calculated shortest atomic distance is not larger than a given threshold, not only deleting the two atoms exhibiting the shortest atomic distance from the three-dimensional space but also forming an atom representing the two atoms in the weighted average coordinates with respect to the coordinates of deleted two atoms; process B4 of returning to the process B2 after the process B3; and process B5 of, when the calculated shortest atomic distance exceeds the given threshold, terminating the process B. This procedure enables strikingly reducing the memory zone and amount of computation required for 3D QSAR analysis.
L'invention concerne une analyse par grappes d'un procédé de corrélation tridimensionnelle d'activités structurelles, comprenant : le procédé B1 de détermination des coordonnées de chaque atome contenu dans des molécules multiples empilées dans un espace virtuel ; le procédé B2 de calcul des distances atomiques entre chaque atome et d'autres atomes et d'identification, non seulement de la distance atomique la pus courte parmi les distances atomiques calculées, mais également entre deux atomes, constituant la distance atomique la plus courte ; le procédé B3 de suppression, lorsque la distance atomique la plus courte n'est pas supérieure à un seuil donné, de deux atomes possédant la distance atomique la plus courte par rapport à l'espace tridimensionnel, mais également la formation d'un atome représentant les deux atomes dans des coordonnées moyennes pondérées par rapport aux coordonnées des deux atomes supprimés ; le procédé B4 de retour au B2 précédent après le procédé B3 ; et le procédé B5 d'arrêt du procédé B, lorsque la distance atomique la plus courte dépasse le seuil donné. Ladite procédure permet de réduire de manière sensible la zone de mémoire et la quantité de calculs requise pour l'analyse QSAR 3D.
Higashiura Kunihiko
Kotani Takayuki
Bereskin & Parr Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
Nippon Zoki Pharmaceutical Co. Ltd.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2023451