Tumor tissue microarrays for rapid molecular profiling

Details Tumor tissue microarrays for rapid molecular profiling Tumor tissue microarrays for rapid molecular profiling

C - Chemistry, Metallurgy

40

B

C40B 60/08 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 60/14 (2006.01) G01N 1/04 (2006.01) G01N 1/08 (2006.01) G01N 1/28 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G01N 33/543 (2006.01) G02B 21/34 (2006.01)

Patent

CA 2318984

An array-based technology facilitates rapid correlated gene copy number and expression profiling of a very large numbers of human tumors. Hundreds of cylindrical tissue biopsies (diameter 0.6 mm) from morphologically representative regions of individual tumors can be arrayed in a single paraffin block. Consecutive sections from such arrays provide targets for parrallel in situ visualization and quantitation of DNA, RNA or protein targets. For example, amplifications of six loci (mybL2, erbB2, Cyclin-D1, myc, 17q23 and 20q13) were rapidly determined by fluorescence in situ hybridization from 372 ethanol-fixed breast cancers. Stratification of tumors by estrogen receptor and p53 expression data revealed dictinct patterns of gene amplification in the various subgroups of breast cancer that may have prognostic utility. The tissue array technology is useful in the rapid molecular profiling of hundreds of normal and pathological tissue specimens or cultured cells.

L'invention concerne une technique sur la base d'arrangements facilitant une définition de profil rapide et en corrélation de nombre de copies et d'expression de gènes d'un très grand nombre de tumeurs humaines. On peut former des arrangements de centaines de biopsies de tissus cylindriques (de diamètre égal à 0,6 mm) provenant de régions morphologiquement représentatives de tumeurs individuelles, dans un bloc de paraffine unique. Les sections consécutives provenant de ces arrangements forment des cibles de visualisation et de quantification in situ de cibles d'ADN, d'ARN ou de protéines. Par exemple, les amplifications de six loci (mybL2, erbB2, cyclin-D1, myc, 17q23 et 20q13) ont été rapidement déterminées par hybridation in situ par fluorescence à partir de 372 cancers du sein fixés par éthanol. La stratification des tumeurs par un récepteur d'oestrogène et des données d'expression p53 a révélé différents modèles d'amplification génique dans les différents sous-groupes de cancer du sein pouvant être utiles au diagnostic. La technique d'arrangements de tissus s'utilise pour la définition de profil moléculaire rapide de centaines de prélèvements de tissus normaux et pathologiques ou de cellules en culture.

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