C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/04 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01)
Patent
CA 2720932
The invention relates to methods for the determination and detection of nucleic acids sequences in a sample. The nucleic acid may be RNA or DNA or both. The invention also relates to methods for the determination of the presence and species of various microorganisms in a sample. We have also identified a set of oligonucleotide nucleic acid sequences within the rRNAs of Gram-negative organisms that facilitates both the broad identification of Gram-negative organisms as a class when used as a pool or in combination, for example in a hybridization assay. This set of oligonucleotides may detect sequences that are indicative of the presence of organisms of the broad class of Gram-negative organisms while exhibiting little or no false identification of Gram- positive organisms, and fungi, or other microorganisms. The assay includes concurrent incubation with at least one nucleotide sequence of interest, at least one nucleic acid probe, a fluorosurfactant, and a nuclease. The assay may further be employed to detect the presence of bacteria, fungi, or other microorganisms by use of additional specific probes, or to detect and/or identify target nucleic acid sequences in a sample. Further, the invention also relates to methods of reducing non-specific binding and facilitating complex formation in a binding assay. The binding assay may be, but is not limited to, a nucleic acid hybridization assay or an immunoassay. The invention also relates to methods of detection that employ at least one target of interest, which may be a nucleotide sequence, at least one probe, which may be a nucleic acid probe and a nuclease.
L'invention concerne des procédés de détermination et de détection de séquences d'acides nucléiques dans un échantillon. L'acide nucléique peut être de l'ARN ou de l'ADN ou les deux. L'invention concerne également des procédés permettant de détecter la présence de divers micro-organismes dans un échantillon et de déterminer à quelle espèce ils appartiennent. Nous avons également identifié un ensemble de séquences d'acides nucléiques oligonucléotidiques au sein des ARNr d'organismes à gram négatif, qui facilite l'identification au sens large des organismes à gram négatif en tant que classe lorsque lesdites séquences sont utilisées sous la forme d'un pool ou en combinaison, par exemple dans le cadre d'un dosage par hybridation. Cet ensemble d'oligonucléotides permet de détecter des séquences révélant la présence d'organismes, appartenant au grand groupe des organismes à gram négatif, tout en ne permettant aucune, ou pratiquement aucune fausse identification d'organismes à gram positif, de champignons ou d'autres micro-organismes. Le dosage comprend une incubation simultanée avec au moins une séquence nucléotidique d'intérêt, au moins une sonde d'acide nucléique, un tensioactif fluoré et une nucléase. Le dosage peut, en outre, être utilisé pour détecter la présence de bactéries, de champignons ou d'autres micro-organismes grâce à l'utilisation de sondes spécifiques supplémentaires ou, encore, pour détecter et/ou identifier des séquences d'acides nucléiques cibles dans un échantillon. En outre, l'invention concerne également des procédés permettant de minimiser les liaisons non spécifiques et de faciliter la formation de complexes dans le cadre d'un dosage par liaison. Le dosage par liaison peut correspondre, mais la liste n'est pas limitative, à un dosage par hybridation d'acides nucléiques ou à un immunodosage. L'invention concerne également des procédés de détection utilisant au moins une cible d'intérêt, qui peut être une séquence nucléotidique, au moins une sonde, qui peut être une sonde d'acide nucléique, et une nucléase.
Baker Jennifer M.
Dawson Elliott P.
Hearn Andrew
Madden Judith
Ray-Cox Lori J.
Bioventures Inc.
Celsis International Ltd.
Osler Hoskin & Harcourt Llp
LandOfFree
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